1、受益范围跨行政村的水利工程、农田机耕路、农发项目区公示牌、农发工程标志牌，由乡镇政府委托其水利管理单位直接负责或协助村民委员会进行管护。用于良种繁育和技术推广仓库、晒场等工程和配套设备，由乡镇政府委托其农业技术推广单位进行管护。农田防护林、水土保持林、苗圃及其配套工程，由乡镇政府委托其相关管理部门直接负责或协助村级组织进行管护。
2、受益范围明确为某一行政村的农发工程，由村级组织直接负责或委托受益范围内的农民专业合作组织进行管护。
3、由企业、农民专业合作组织、大户（以下简称业主）直接承担的土地治理项目，或项目区土地已明确流转由业主经营的，可将项目区内工程直接明确由业主管护。对产权明确权属为业主的农发工程，由其负责管护。
4、鼓励各地探索通过承包、租赁、拍卖、业主负责制等多种方式落实农发工程管护主体。引导和帮助受益农民按照受益范围，以灌区或项目所在乡镇、村为单位自愿组建农民用水协会或农发工程管护协会，负责管护项目区农田水利、农业和林业等各类农发工程。
三、拓宽农发工程管护经费筹资渠道
按照市场手段与政府补助相结合的原则，“谁受益、谁负担”和“以工程养工程”的方法，鼓励多形式、多渠道筹资管护经费。
（一）县级农业资源开发、财政部门按照农业综合开发土地治理项目财政资金总额的1%比例计提农发工程工程管护费，专项用于工程管护。
（二）县级财政可根据财力情况和实际需要，安排农发工程管护经费；乡级政府和村级组织可从集体收益或工程收益中适当安排工程管护经费。在符合“一事一议”有关要求的情况下，组织受益农户投工投劳，参与修复项目区农发工程。
（三）财政投资建成的农发工程，通过承包、租赁、拍卖等方式取得的收入，优先保证用于农发工程管护。各地可视情况按一定比例计提工程管护经费，用于农发工程管护。
（四）因自然灾害造成的农业综合开发项目区工程损毁，可按程序申报国家自然灾害损毁工程修复资金补助，争取国家支持，通过专项项目的形式进行维修和维护。已明确划归企业管护或产权归属业主的工程，其维修和管护经费由业主自行解决。
四、加强农发工程管护经费管理
（一）从农业综合开发项目财政资金中提取的工程管护费和县级财政安排的专项工程管护资金，由县级农业资源开发、财政部门统筹安排和管理。经费使用实行项目化管理，财政部门分账核算，专款专用。当年结余经费科可结转下年使用。通过财政资金以外的其他形式筹集的管护经费，根据实际情况可由村级组织或乡镇政府管理。
