（二）年终清算。每年年度终了，市和区（市）县财政要于决算清理期结束前，对全年计提的农田水利建设资金进行统一清算。具体清算公式为：
全年计提的农田水利建设资金＝（全年1030146项国有土地收益基金收入＋全年1030148项国有土地使用权出让收入－全年103014802目补缴的土地价款－全年103014803目划拨土地收入－全年103014899目其他土地出让收入－全年2120801项征地和拆迁补偿支出－全年2121001项征地和拆迁补偿支出－全年2120802项土地开发支出－全年2121002项土地开发支出－全年2120805项补助被征地农民支出－全年2120806项土地出让业务支出－全年2120809项支付破产或改制企业职工安置费支出）×10％
年内各季度累计计提的农田水利建设资金应当与全年计提的农田水利建设资金数额一致。年内各季度累计计提的农田水利建设资金少于全年计提的农田水利建设资金数额的，要于当年决算清理期结束前一次性补足；年末国库中的土地出让收益不足以补足当年应计提农田水利建设资金数额的，可以不予补足。年内各季度累计计提的农田水利建设资金大于全年计提的农田水利建设资金数额的，多出部分应予退回，相应减少“103014805农田水利建设资金收入”科目，增加“103014801土地出让价款收入”科目。年内各季度累计计提的农田水利建设资金因发生支出而无法退回的，可以在次年计提的农田水利建设资金中抵扣。
三、农田水利建设资金的统筹
市和区（市）县计提农田水利建设资金省级统筹30%，省级统筹部分实行市、区（市）县国库就地按比例自动分成。具体操作方式为：市和区（市）县财政部门填开“更正通知书”减少“103014801土地出让价款收入”科目，相应增加“103014805农田水利建设资金收入”科目（省级30%、本级70%），同级人民银行国库部门按照省30%、本级70%的分成比例办理调库手续。
2011年1－6月已从土地出让收入中计提的农田水利建设资金，比照上述方式实行就地按比例自动分成。
四、农田水利建设资金的使用
（一）资金使用范围。
1.灌区渠道配套工程。开展都江堰灌区、玉溪河灌区和九龙滩灌区支、斗渠道配套建设，中型灌区渠堰引水枢纽和干支渠改造，以及田间工程和灌区末级渠系建设。
2.水源工程。开展山丘区小水窖、小水池、小塘坝、小泵站、小水渠等“五小水利”工程建设。
3.节水灌溉。大力推广渠道防渗、管道输水、喷灌滴灌等技术。
