（二）规范土地综合开发净收益管理。各市城际轨道交通站场红线内土地综合开发净收益由轨道交通项目业主用于冲减该市相应路段分摊的运营亏损。在红线内土地综合开发净收益冲减运营亏损的基础上，剩余运营亏损按以下方式弥补：
1．沿线市境内红线外开发备选用地由该市负责开发的，则该市路段剩余亏损额由该市全部承担。
2．沿线市境内红线外开发备选用地由省市联合开发的，则该市路段剩余亏损额按省市在该路段的出资比例分担（铁道部参与投资的，其出资额纳入省级出资额）。其中，省级亏损额由红线外土地综合开发的省级净收益进行弥补，不足部分由省政府统筹解决；市级亏损额由红线外土地综合开发的市级净收益进行弥补，不足部分由该市统筹解决。红线外土地综合开发省级净收益在弥补省级亏损额后仍有剩余的，全部交由沿线市支配。
（三）设立运营补亏保障金。珠三角城际轨道交通运营补亏保障金由土地综合开发的省市出资人净收益、各沿线市上缴的城际轨道运营专项补亏资金等构成。该保障金在省铁投集团设立专户，由省财政厅负责监管，做到专户存储，专项用于珠三角城际轨道运营补亏。省财政厅负责牵头制订珠三角城际轨道交通项目运营保障金管理办法，规范该保障金的来源、收缴、汇集、划拨、使用等事项。
五、保障措施
（一）加强组织领导。省政府成立土地综合开发工作领导小组，负责总体部署土地综合开发工作，研究协调土地综合开发工作中的重大事项。领导小组由分管副省长任组长，各沿线市政府和省发展改革委、财政厅、国土资源厅、住房城乡建设厅、国资委以及广州铁路（集团）公司、省铁投集团、珠三角城际公司有关负责同志为成员，领导小组日常工作由省发展改革委承担。各沿线市政府、省有关部门、有关企业要充分认识土地综合开发的重大意义，高度重视，齐心协力，狠抓落实，为此项工作顺利开展营造良好环境。
（二）加强规划管理。珠三角城际轨道交通沿线站场红线内外的土地综合开发规划在与土地利用总体规划相衔接，并充分征求沿线市政府、省有关部门和轨道交通项目业主意见的基础上，由省住房城乡建设厅统筹编制，报经省政府审定后发布执行。各市要根据该土地综合开发规划实施进度需要，在半年内依法调整相关用地的控制性详细规划等城乡规划，适时依法调整土地利用总体规划，调整后的控制性详细规划应报省住房城乡建设厅备案审查。各土地开发主体根据控制性详细规划按程序开展开发建设的报批工作。
