在应对准备阶段，各有关部门依据各自职能开展流感大流行防控工作。在Ⅳ级响应阶段，各有关部门按照市联防联控工作机制的统一部署，分别开展工作。在Ⅲ级、Ⅱ级应急响应阶段和恢复评估阶段，市联防联控工作机制设立综合组、医疗防疫组、保障组、宣传组、动物防疫组、社会治安组等6个工作组，分别由市卫生局、发改委、财政局、广电局、农牧局、公安局等部门牵头组建。在Ⅰ级应急响应阶段，由指挥部负责领导、指挥和协调防控工作。
各区（县）人民政府负责本行政区域内流感大流行防控工作，其应急指挥机构及职责可参照本预案并结合本地实际情况予以确定。
2.2 专家委员会
乌鲁木齐市联防联控工作机制下设专家委员会，由综合组或市卫生局负责联系，专家委员会由呼吸内科、感染科、儿科、流行病学等相关领域的专家组成。
专家委员会主要职责包括：
2.2.1 分析评估流感大流行的的风险，提出流感大流行不同阶段的启动、调整、终止建议；
2.2.2 分析评估流感大流行对社会、经济的影响，提出流感大流行应急处置策略与措施建议；
2.2.3 开展流感大流行应急工作技术指导和跟踪评价；
2.2.4 提出流感大流行应急的科研需求及优先领域；
2.2.5 承担市应急指挥机构交办的其他任务。
3、应急保障
3.1 预案及方案制订
各有关部门按照职责分工，组织制订相应的流感大流行应急预案、工作方案和技术规范。
市教育局负责制订流感大流行学校防控方案。
市农牧局负责制订动物疫情监测与防控技术方案。
市卫生局负责制订流感大流行应急监测、疫情处置、病例救治、卫生监督等技术方案。
市旅游局负责制订流感大流行期间旅游团队疫情防控方案。
3.2 疫苗准备
市发改委、财政局、卫生局等部门按照职责分工，负责研究制订扶持预防流感大流行疫苗的相关政策，必要时做好流感大流行疫苗应急储备、调运等工作方案准备。
市卫生局负责组织开展应对流感大流行所需抗病毒药物的需求评估，提出需求建议。根据评估结果，制订大流行流感疫苗和季节性流感疫苗的使用策略和接种方案。
3.3 抗病毒药物的准备
