有本条第三款规定的违法行为，由水行政主管部门责令其停止违法行为，恢复原状或者采取其他补救措施，并可处以1万元以上5万元以下的罚款；对拒不恢复原状或者不采取有效的补救措施的，水行政主管部门应当采取代为恢复原状或者实施相应的补救措施，所需费用由违法者承担。
第三十九条 新建规模以上畜禽养殖场应当办理环境影响评价手续，现有的畜禽养殖场不能达标排放的，应当限期治理。
规模以下畜禽养殖场（户）应当采取必要的防止污染方法，环保、水务、畜牧水产、农业、林业和园林等行政主管部门在职责范围内负有监督管理责任。
畜牧水产、农业、林业和园林等行政主管部门向畜禽养殖场提供资金奖补或者其他政策支持，应当征求环境保护行政主管部门的意见。
第四十条 农业、林业和园林等行政主管部门应当采取措施，指导农业生产者科学、合理地施用化肥和农药，减轻农业面源污染，防止造成水污染。
环境保护、畜牧水产和水务等行政主管部门在职责范围内履行监督管理职责，应当检查河流、湖泊、水库池塘等的农业水污染情况，即时制止污染行为，采取措施防止水污染的再次发生。
第四十一条 提高农村生活污水的处理和生活垃圾的收集、运输能力，加强农村污水处理设施的建设，实施生活垃圾等废弃物的资源化、无害化处理。
第四十二条 加强污泥处置设施的规划和建设，逐步推行污泥处置方式的多元化和市场化。
新建、改建和扩建城镇污水集中处理设施应当同步配套建设污泥处置设施。
第五章 水生态保护与水安全
第四十三条 市、县（市）区水行政主管部门应当会同有关部门编制水生态保护与修复的专项规划，报同级人民政府批准实施。
第四十四条 水行政主管部门应当会同有关部门编制水土保持规划，报同级人民政府批准实施。
规划编制机关在编制基础设施建设、矿产资源开发、城镇建设、公共服务设施等规划时，应当提出可能造成水土流失的预防和治理的对策、措施，并在规划报请审批前征求同级水行政主管部门的意见。
