2、第二阶段：组织实施（2009年5月-11月）
全面实施食品安全整顿工作，规范食品生产经营秩序，严厉打击制售假冒伪劣食品的违法行为。督促食品生产经营单位全面落实食品安全管理制度，提升食品安全保障水平。
3、第三阶段：阶段性总结（2009年12月）
对食品安全专项整顿工作情况进行检查，总结经验，查找问题。提出整改要求，形成阶段性工作总结。
（二）2010年的整顿工作：在总结2009年工作的基础上，针对存在的问题，进一步完善措施，加大工作力度，全面实现整顿工作目标。
五、整顿措施
（一）落实企业的食品安全主体责任。企业要确保生产经营的食品符合国家质量安全标准，并承担相应的法律责任。督促企业建立健全食品安全管理制度，严格执行原料查验、索证索票和全程追溯制度；提高检验检测能力，落实食品检验合格出厂制度和不合格食品召回制度。完善相关政策措施，采取行政、认证等多种措施，鼓励和引导食品企业积极采用良好生产规范（GMP）、良好卫生规范（GHP）、良好农业规范（GAP）等先进食品安全制度，提高企业食品安全管理水平。
（二）严格执行食品安全标准。加强宣传培训和督促检查，严格实施食品安全国家标准。没有国家标准的，执行行业标准。
（三）加大检验检测。各有关监管部门要加强对食品特别是高风险食品的检验检测，加大检验检测频次，定期公布检验检测结果。规范食品安全检验检测结果公布。完善检验检测手段，重点提高对食品中毒有害物质鉴定排查、风险监测、风险预警、风险评估和技术仲裁的能力。建立县、乡、村的食品污染物和食源性疾病监测体系，加强食品安全风险监测数据的收集、报送和管理。严格资质审查，加强检验检测人员管理，提高检验检测机构服务水平。
（四）加强食品安全监管。规范食品生产经营准入条件，提高准入门槛。严格落实食品安全各项制度，加大对重点食品、重点环节和重点区域的监督检查力度，对不合格食品采取下架、退市，责令企业召回。改进监督抽检手段，日常监督、突击检查、追踪溯源、利用举报线索等方式，及时发现和查处违法生产经营行为。完善运行机制，强化综合协调，加强食品安全各环节执法衔接，联合开展监督抽查，提高监管效率。
（五）强化行政执法。保障基层执法单位执法装备、检测设备和经费，提高执法能力。严格执法程序，规范执法行为，加强评议考核，落实食品安全行政执法责任制和责任追究制，着力解决执法监管中的不作为、不到位和乱作为行为。加强执法队伍思想建设、业务建设和作风建设，提高执法队伍素质和依法行政水平。健全食品安全事故信息快速通报制度，完善食品安全事故快速反应机制。及时查处食品安全重大案件，严惩违法犯罪分子。
