新农合基金决算时间为每年12月31日。
四、筹资标准
逐步提高各级财政补助标准及农牧民个人筹资水平，积极探索建立稳定可靠、合理增长的筹资机制，增强新农合基金抗风险能力。2010年地区新农合每人每年筹资标准不低于200元。2011年统一提高地区参合农牧民个人缴费标准，提高30元/人，不断提高各级财政补助标准，争取提高人均筹资标准至260元，提高平均报销比例至60%；到2012年提高人均筹资标准至300元，提高平均报销比例至70%；到2013年提高人均筹资标准至350元，提高平均报销比例至80%，不断减轻农牧民看病就医负担。
五、基金用途
新农合基金只能用于参合农牧民医疗费用补偿和自治区深化医药卫生体制改革规定的补偿范围，不得用于应由政府提供专项资金的基本公共卫生服务项目的补偿（如计划免疫、预防保健、健康教育等）、经办机构工作经费和《自治区新型农牧区合作医疗基本药品目录（2010年版）》、《自治区新型农牧区合作医疗服务设施及诊疗项目目录（2010年版）》（以下简称“新农合目录”）以外的医疗费用等。
六、补偿模式
地区新农合采取“住院统筹＋门诊统筹”补偿模式。
七、基金分类
基金分三大类：住院统筹基金、门诊统筹基金、风险基金。参合农牧民个人缴费、中央及地方各级财政对参合农牧民的补助资金以及其他社会捐助资金全部纳入统筹基金。
（一）住院统筹基金。主要用于对参合农牧民住院可报费用达到起付线标准的补偿、门诊大病（重大慢性病）的补偿以及住院分娩的定额补偿。原则上住院统筹基金占提取风险基金后统筹基金的70%左右，由统筹县（市）管理。
（二）门诊统筹基金。主要用于补偿参合农牧民普通门诊和一般慢性病可报医药费用的补偿，原则上门诊统筹基金占提取风险基金后统筹基金的30%左右，由统筹县（市）管理。
（三）风险基金。主要用于弥补基金非正常超支造成的基金临时周转困难等，原则上风险基金要保持在当年统筹基金总额的10%，由地区财政部门、卫生部门共同管理。
八、补偿设置
（一）常规住院补偿
1.起付线。
乡（镇）级定点医疗机构为80元，县（市）级定点医疗机构为200元，县（市）级非定点医疗机构为500元，地区级定点医疗机构为350元，自治区级定点医疗机构为500元，地区级和自治区级非定点医疗机构为800元。自治区以外当地卫生行政部门确定的定点医疗机构起付线与区内同级别定点医疗机构起付线保持一致，自治区外非定点医疗机构不予报销。不得随意取消起付线。
