根据上述职责，凉山彝族自治州农业局设12个内设机构：
　　（一）办公室。
　　负责局机关政务协调、文电处理、信息、机要、档案、信访、督查、保密和安全保卫等工作；负责重要综合性会议的组织协调、绩效管理、对外协调和重大接待工作；组织办理人大代表建议、政协委员提案；组织有关综合性报告、文件的起草；牵头协调重大突发事件应急综合管理；负责新闻宣传、新闻发布和政务公开工作；负责局机关后勤工作。
　　（二）政策法规科（农业执法支队）。
　　负责农业法制建设，负责农业法制宣传教育工作，组织起草农业地方性法规和政府规章草案；组织开展农业产业政策研究，提出农业产业保护和发展的政策建议；承担机关规范性文件的合法性审核工作；指导农业行政执法体系建设，组织、指导农业综合执法和执法监督工作；承办农业行政诉讼、行政复议等相关工作。
　　（三）农产品质量安全监管科。
　　负责农产品质量安全监督管理工作；牵头负责农业标准化工作；承担组织、指导农业检验检测体系建设和机构考核工作；承担依法实施符合安全标准的农产品生产基地认定、产品认证和监督管理等有关工作；指导建立农产品质量安全追溯体系；指导实施农产品包装标识和市场准入管理；负责农产品质量安全突发事件应急处置；负责农产品质量安全风险评估和信息发布工作；组织开展农产品质量安全检验检测工作。
　　（四）产业发展与市场信息科。
　　组织编制全州农业农村经济发展战略和中长期发展规划、农业区域发展规划；负责农业资源区划工作；拟订全州农业农村经济信息体系建设、农产品市场体系建设、农产品营销促销发展的规划并组织实施；会同有关部门规范农产品市场运行，指导农产品市场标准化建设与管理；负责监测分析农业和农村经济运行；承担农业生产统计有关工作；管理农业农村经济信息工作，指导农业信息服务；组织协调“菜篮子”工程；承担培育、保护农产品品牌的有关工作；负责拟订并组织实施农业产业化经营的政策措施、发展规划；指导农业产业化经营，促进贸工农一体化、产加销一条龙发展；指导农业产业和产品结构调整；指导农业产业重大项目的包装、储备和推介工作；负责州际间农业经济合作与交流相关工作；指导休闲农业发展，负责农业多种功能开发利用；指导农业产业专业协会工作。
　　（五）科技教育科（农业转基因生物安全管理办公室）。
　　负责农业科技创新体系、产业技术体系、农技推广体系与农民教育培训体系建设相关工作；负责农业科研、技术引进、成果转化推广和农民教育培训工作；管理农业科技成果；组织开展农民科技和农村劳动力转移就业培训工作；指导农业职业教育工作；负责农业植物新品种保护、野生植物资源保护和农业转基因生物安全管理等工作；承办外来物种管理的相关工作。

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