根据上述职责，阿坝州教育局设12个内设机构：

　　（一） 办公室

　　承担机关文电、会务、机要、保密、档案、资产管理、安全、保卫、后勤等机关日常工作；承担保密、新闻宣传、政务公开、电子政务、政务协调、政务信息、绩效管理、督查督办等工作；承办人大代表建议、政协委员提案工作，承办教育年鉴和教育志编纂工作；负责学校稳定工作；负责协调教育的对外交流与合作；指导全州教育系统基层党建、统战、民主管理和机关群团工作；开展全系统反腐倡廉教育；负责实施教育局党委对机关、直属校（园）党（总）支部党建目标的管理考核、党员发展及党费收缴、党员年报等管理工作。

　　（二）政策法规科（行政审批科）

　　负责全州教育改革与发展的政策研究和法制建设与依法治教工作；指导全州教育系统中小学法制宣传教育工作；综合管理全州民办教育；依法受理教师、学生申诉、学校各种法律纠纷和有关行政复议、应诉和其他法律性事务；负责接待、处理群众来信来访工作，指导检查全州教育系统信访工作；统筹管理教育行政执法监督工作；负责社会治安综合治理工作；负责州级教育经费内部审计，州直属学校、单位领导干部的离任审计；指导县级教育行政部门的审计工作；会同有关部门审计全州教育经费；检查监测教育经费的投入、管理和使用情况；承担有关行政审批事项。

　　（三）计划基建财务科

　　拟订全州教育事业发展规划和制定年度工作计划；贯彻落实省、州改革发展规划的实施意见；规划并指导全州各级各类学校的布局调整；制定普通高中的年度招生计划，会同有关部门制定中等职业学校的年度招生计划；参与拟定筹措教育经费、教育专款、教育投资和有关经费管理的政策和措施；监测教育经费的筹措和使用；负责局属事业单位财务预、决算及监督管理；协助有关部门监督管理局属事业单位的国有资产；指导全州学校基本建设和校舍管理工作，负责编报学校省、州重点建设项目计划；负责州直属事业单位基本建设规划和校舍房产管理工作；指导国（境）外教育援助、教育贷款和教育合作项目的执行；指导生产劳动基地和生产实习基地建设。

　　（四）基础教育科

　　承担义务教育、普通高中教育和学前教育管理工作，指导全州寄宿制标准（规范）化管理工作，负责推进义务教育均衡发展和保障各类学生平等接受义务教育工作；参与研究基础教育体制的综合改革，拟定基础教育评估标准，指导基础教育教学改革；指导基础教育阶段特殊教育；指导、检查国家课程的实施、地方课程的建设和校本课程的开发工作；指导社会力量举办基础教育各类学校及教育机构的业务工作；参与监督、检查教育行政部门和中小学校贯彻执行有关法律、法规的情况；指导全州中小学布局结构调整工作；指导全州普通高中教育、幼儿教育、特殊教育工作。

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