（十九）建立水功能区纳污控制制度。确立水功能区限制纳污红线，建立水功能区限制纳污指标体系，严格控制入河排污总量。加强水功能区管理，完善监测预警管理制度，未按时完成主要水污染总量减排目标任务的地区，水利部门停止审批新增取水和入河排污口。认真实施《全国城市饮用水水源地安全保障规划（2008-2020年）》和《全国城市饮用水水源环境保护规划（2008-2020年）》，加大饮用水水源保护区内违章建筑清拆、排污口关闭等污染整治工作力度，着力解决保护区内的环境问题。加强重点城市饮用水水源地保护及饮用水水源应急管理。加强突发性水污染事件应对。探索建立水生态补偿和水源保护补偿机制。
（二十）建立水资源管理责任考核制度。将水资源管理和保护纳入各级政府年度责任目标，主要负责人对水资源管理和保护负总责。严格实施水资源管理考核制度，水行政主管部门会同有关部门，对各地区水资源开发利用、节约保护主要指标的落实情况进行考核，考核结果交由干部主管部门，作为地方政府相关领导干部综合考核评价的重要依据。
六、深化水利改革
（二十一）强化城乡水资源统一管理。完善水资源管理体制。强化城乡水资源统一管理，对城乡供水、水资源综合利用、水环境治理和防洪排涝等实行统筹规划、协调实施，促进水资源优化配置。完善流域管理与区域管理相结合的水资源管理制度，建立事权清晰、分工明确、行为规范、运转协调的水资源管理工作机制。进一步完善水资源保护和水污染防治协调机制。
（二十二）推进水利工程建设和管理体制改革。加强水利建设项目管理，实行项目法人责任制、招标投标制、建设监理制、合同管理制，大力推行项目代建制和试行设计施工总承包制。创新水利建设监管机制，规范水利建设市场秩序。健全和完善安全生产组织机构建设、规章制度体系和目标责任考核体系，落实水利安全生产监管责任和水利生产经营者安全生产主体责任。加强水利工程质量监督机构和网络建设。区分水利工程性质，分类推进改革，健全良性运行机制。深化国有水利工程管理体制改革，按规定落实公益性、准公益性水管单位基本支出和维修养护经费。建立跨行政区划和重点水利工程维修养护经费各级财政补助机制。推进小型水利工程产权制度改革，明确所有权和使用权，落实管护主体和责任，建立公共财政对小型水利工程管护经费的补助机制，探索社会化、专业化的多种水利工程管理模式。理顺湖泊管理体制，健全各级湖泊管理机构，强化工作职责，落实管护主体和责任。
