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2、由农村集体经济组织实行统一经营的耕地，经营者用地需与所在地农村集体经济组织协商。
由农村集体经济组织所有且不宜采取家庭承包方式的四荒地等，经营者用地应当依照《土地承包法》的规定，经法定程序办理，签订书面承包合同。
由农村集体经济组织所有，且未用于调整土地或承包给新增人口的机动地，经营者应当采取招标、公开协商等方式承包，但承包期限不得超过三年，并签订书面承包合同。
由农村集体经济组织所有，且以家庭承包方式承包给农户的耕地，经营者用地需与承包农户协商流转的期限、方式、价款和支付方式等，并签订规范的土地流转合同。承包农户自愿委托发包方或中介组织流转其承包土地的，承包方应出具土地流转委托书。土地承包经营权流转期限不得超过农户承包期的剩余期限，不得改变承包地的农业用途。
3、经营者与所在地农村集体经济组织协商一致后，双方签订用地协议。
4、经营者持设施建设方案、用地协议向所在地乡镇政府提出用地申请。
（二）乡镇申报
1、乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定，对经营者提交的设施建设方案、用地协议（或经营者依法与流转方签订土地承包经营权流转合同）、是否符合乡镇总体规划等进行审查。
2、经审查，符合要求的，乡镇政府及时将有关材料呈报区县政府审核。若不符合要求，乡镇政府及时通知经营者，并说明理由。
（三）区县审核
1、所在地区县政府组织农业部门和国土资源部门进行审核。
2、农业部门重点就设施建设的必要性与可行性，承包土地用途调整的必要性与合理性，以及经营者农业经营能力和流转合同的合法性、规范性进行审核。
3、国土资源部门依据农业部门审核意见，重点审核设施用地的合理性、合规性以及用地协议。其中，涉及补充耕地的，审核经营者落实补充耕地情况，做到先补后占。
4、符合规定要求的，区县农业部门和国土资源部门联合向区县政府报告，由区县政府批复。
5、所在地乡镇政府监督设施建设和用地协议的实施。区县国土资源部门做好土地变更调查、登记和台账管理等相关工作。区县农业部门做好土地承包合同变更和流转合同备案、登记等工作。
6、设施农用地项目已经或可能因挖损、塌陷、压占、污染以及建永久设施，对土地造成破坏的单位或个人必须履行土地复垦义务，并与区县国土部门签订复垦协议，落实复垦责任。
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