3.中介机构应谨慎执业，在出具2007、2008、2009年度研究开发费专项报告、2009年度高新技术产品（服务）收入专项报告时，应充分考虑年度财务报表审计报告相关内容，企业编制的研究开发费和高新技术产品（服务）收入与年度财务报表审计报告相关内容不一致的，中介机构应在专项报告作强调事项说明。中介机构出具的专项报告与企业账载不实的，按《中华人民共和国税收征管法实施细则》第九十八条进行处罚。
4.申报企业年度
企业所得税纳税申报表及附表与年度财务报表审计报告相关数据应保持一致。申报企业年度
企业所得税纳税申报表附表的主营业务收入、其他业务收入、营业外收入（政府补助收入、补贴收入）、管理费用（研究开发费）等项目与年度财务报表审计报告的相关内容不一致的，企业须提供佐证材料说明相关情况。
5.企业须按照财务会计有关规定，正确归集、核算企业研究开发费用支出，各类审计报告中的数字须符合正确的逻辑关系。初审部门应加强对企业研究开发费用的审核，发现企业研究开发费用有疑点的，应要求企业提供证明材料。对企业不能证明研究开发费用真实、准确性的，不能通过地方初审。
六、申报程序
（一）企业自我评价。企业应对照《认定办法》、《工作指引》和《实施细则》进行自我评价。认为符合条件的，按照《认定办法》、《工作指引》以及《实施细则》有关规定和本通知要求准备申报材料。
（二）注册填报。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”（网址：www.innocom.gov.cn）在企业申报入口进行注册登记，待认定机构确认后进行申报书的网上在线填报或下载填报工具填报（填报前须下载高新技术企业认定管理工作网最新企业版使用手册，按要求进行填报）。
（三）网上提交。电子版材料于6月1日至8日进行网上提交。
（四）地方初审。
各省辖市及有关扩权县（市）、郑州和洛阳国家高新技术产业开发区科技、财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理服务机构（作为申报企业推荐单位），负责各自辖区内申报企业申报材料以及中介机构有关材料的真实性、完整性、合规性的初审。初审时应注意以下方面：
1．企业核心自主知识产权情况须符合《认定办法》、《工作指引》及本通知要求。对于没有核心自主知识产权有效性证明材料或证明材料不符合要求的，不得通过地方初审。
2.中介机构出具的年度财务报表审计报告中财务报表附注的编制须符合《中国注册会计师审计准则》的要求。
