第五条 补贴资金按土地出让金的管理方式筹措资金，即取得土地出让金收入的区、县级市（番禺、花都、萝岗、南沙、增城、从化）负责辖区内基本农田补贴资金的筹措，没有土地出让金收入的区（越秀、海珠、荔湾、天河、白云、黄埔），其辖区内基本农田补贴资金，由市本级统筹解决。具体资金安排随土地出让金管理方式调整而调整。
第六条 补贴资金应当首先用于补贴农户和村的农民（含农转居人员）参加社会养老保险和支出农村合作医疗制度费用。在前述两项已有落实的情况下，可以将补贴资金用于其他用途。
第七条 补贴资金实行统筹使用、专户管理、专款专用。
补贴资金每年发放一次，农户和村所获得的补贴资金用于购买社会养老保险和支付农村合作医疗制度费用以及其他用途的比例和金额由农户和各村根据自身的实际情况自行决定。
第八条 补贴资金分别由市本级和相应区（县级市）财政预算专项安排，由市本级财政预算安排的补贴资金列入市国土房管局年度部门预算。
第九条 补贴资金应当按照以下程序审核发放。
市国土房管局各区分局，从化、增城市国土房管局应建立补贴资金管理台账，每年8月，各区分局、从化、增城市国土房管局依据各镇土地利用总体规划图和台账确认各镇（街）、村补贴面积，会区（县级市）财政部门制定资金发放方案后，每年9月上报所在区（县级市）政府审核。
由市财政安排补贴资金的，每年10月，市国土房管局各区分局、县级市国土房管局将经区（县级市）政府审核同意的资金发放方案送市级国土房管部门，市级国土房管部门会市级财政、劳动和社会保障、农业部门、卫生部门对各区（县级市）上报的补贴方案进行审核，下发资金安排计划批文，于每年11月底前下拨市级补贴资金。
第十条 支付到村和农户的补贴资金发放使用应纳入村务公开，各村应将收到的补贴资金在所在村公布；资金使用账目应在村内进行公示。
第十一条 国土资源管理部门建立基本农田保护举报制度，设立举报信箱和开通举报电话，并采取遥感、实地检查等措施，依照“保证基本农田数量不减少、质量稳定”的标准每年12月对基本农田保护情况进行监督检查。
