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有的基层项目单位对项目内容不了解，影响了项目进度，同时造成大量资金滞留。其中基本公共卫生服务项目资金滞留问题最为严重，如 部分地区虽然对建立居民健康档案工作投入较大，但因不了解项目具体内容，而影响了项目进度，造成资金严重滞留。
（二）部分项目运行不规范。个别地区在执行农村孕产妇住院分娩补助项目时，未按照项目管理方案要求严格执行限价分娩制度。部分县卫生局及项目管理办公室在推行政策、绩效考核、严格管理方面执行力度不足，没有建立完善的项目限价管理制度，导致群众住院分娩花费过高，使群众实际受益较少。检查中发现，巴州且末县、若羌县和哈密地区伊吾县乡镇卫生院未开展住院分娩业务，三个县绝大部分农村孕产妇在县人民医院住院分娩，顺产收费平均在1500-2000元左右，剖宫产收费平均在3000-4500元左右，远远超过了限价。部分项目存在管理不严、手续不齐现象。如哈密地区哈密市卫生局在执行农村孕产妇分娩补助项目时，没有按照项目有关规定印制新的项目报帐四联单，同时单据部分栏次没有按要求进行填写，存在盖章手续不齐等现象，导致群众在签字时，无法了解项目规定限价，不利于项目政策的宣传和推广。巴州且末县卫生局在管理居民健康档案时，未按照项目要求印刷规范的档案册，仅以订书机装订成册。和田地区卫生局设备招标手续没有进行封档管理，部分合同条款不完备。
（三）部分项目配套资金未落实，影响了项目实施进度。检查中发现，部分需要地方财政支持的项目，由于财政困难，项目配套资金和项目工作经费均未得到落实解决，导致部分需要配套资金的项目不能按时完成，项目督导检查工作也不能及时开展。如2008年、2009年农村改厕项目和2009年人均基本公共卫生服务项目，要求各地配套的项目资金大部分未能落实。检查发现各地建设卫生厕所平均花费为1000-1500元/户，而项目仅补助400元/户，余下经费通过民政部门抗震安居工程资金和财政配套资金解决，由于缺乏合理的资金协调机制，大部分地区配套资金没有得到完全落实，2009年改厕项目完成比例不到30%，部分地区完成率仅为10%，严重影响了项目进度。另外，由于缺乏配套工作经费，部分地区项目督导检查工作也无法按期开展。
（四）个别基础建设项目面积超标严重，致使项目不能按期交付使用，部分项目扩大面积和合并建设未按规定报批，可研、初设、环评等手续不全。检查中发现，2009年下达喀什地区巴楚县人民医院标准化建设项目建筑规模4300平方米，总投资1075万元，实际建筑规模13254平方米，超面积8954平方米，投资概算3000万元，检查时实际到位资金1450万元（中央投资950万元、县财政配套500万元），缺口资金1550万元至今尚未到位，导致该项目于7月份停工。2010年下达的喀什地区泽普县人民医院标准化建设项目，建筑规模5000平方米，该医院在今年4月项目下达前已开工建设，实际建筑规模12000平方米，超面积7000平方米，投资概算3000万元，目前实际到位资金1395万元（中央1080万元、自治区120万元、抗震加固资金195万元），缺口资金1605万元尚未到位。同时，扩大面积未报自治区和地区发改、卫生部门批复。2009年下达巴州且末县人民医院标准化建设项目建筑规模3700平方米，实际建筑面积6381平方米，超面积2681平方米，投资概算1500万元，实际到位资金1015万元（中央815万元、县财政配套200万元），缺口资金485万元由医院自筹解决。可研、初设、环评等手续至今未按自治区有关规定报批。喀什地区巴楚县恰尔巴格乡中心卫生院和色力布亚镇中心卫生院将2008年和2009年下达的两个项目合并建设，项目施工、环评等前期手续不全，合并建设、扩大面积未经地区发改、卫生部门批复。
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