第二十五条 施工合同内的工程款按工程进度支付，其他费用适时支付。即：按照“进场施工、完成工程量的30%、50%、70%、90%、完成项目验收”六个阶段，分别按合同总额的10%、20%、20%、20%、20%、5%的额度进行报账。区县财政局预留合同总额的5%作为工程建设质量保证金，对项目验收1年后环境成效评估结果为优或良的，区县财政局再行报账。
第二十六条 区县财政局可根据实际情况，书面委托区县环保局实行报账制。受委托的区县环保局需按第十二条的规定，实行“专户、专帐、专人”管理。
区县财政局不得将专项资金直接划拨或者委托乡镇财政所实行报账制。
第二十七条 市财政局将会同市环保局对各区县专项资金和项目执行情况进行考核，考核结果作为该区县下一步专项资金安排的重要依据。
区县财政局和环保局应建立健全专项资金的监管制度，加强对项目业主或建设期项目业主使用专项资金的监督和考核，确保专项资金专款专用。
各级相关部门、项目业主或建设期项目业主，不得以任何名义滞留、截留、挤占和挪用专项资金。
第二十八条 项目总投资低于项目立项投资的，结余资金由市财政局按比例收回，或由区县财政局会同环保局提出结余资金使用建议，报市财政局、市环保局审批后，继续用于农村环境整治。
第六章 监督检查
第二十九条 各相关区县政府应自觉接受各级财政、环保、审计、监察等部门的监督检查，不得以任何理由阻挠或逃避检查。
第三十条 专项资金支持的村镇应当按照政务公开、村务公开要求，将项目建设资金安排和使用的详细情况、项目安排和具体实施情况等向村民公示。公示时间不得少于7日。有条件的区县人民政府应将示范项目内容及其资金使用情况在政府门户网站上予以公开，接受社会监督。
第三十一条 为了加强管理，由市财政局、市环保局委托中介机构对专项资金的使用情况进行全过程跟踪评审，并出具评审报告。项目业主或建设期项目业主对跟踪审计中发现的问题要限期整改。跟踪评审费用由市财政局支付。
第三十二条 市环保局、市财政局组织或委托中介机构对项目资金投入与保障、项目实施与管理、项目产出、项目效益与可持续影响等进行考评，对出现资金挪用、审计通报、项目停止运行、重大责任事故等造成绩效评估结果为低或差，且限期整改未能完成的，取消该区县三年内申报本专项资金项目资格。
