第七条 中央农村环保专项资金不得用于项目实施方案编制与技术评估、招投标、地形测量、征地租地、青苗补偿、审计、监理、监测、项目运行维管等工程建设其他费用、建设管理费、项目运行费等。不得用于发放人员工资、津贴补贴、楼堂馆所建设、购置非专业机动车辆等非项目建设性支出。
第八条 区县在申请专项资金的同时，应落实不少于中央农村环保专项资金二分之一的区县财政配套资金，用于项目建设。由区县财政部门出具区县财政配套资金证明，并落实农村环境污染防治设施运行费用，确保环境综合整治的持续效果。
第三章 项目申报、审批、下达
第九条 专项资金项目申报总体按财政部、环保部与重庆市人民政府签订的《农村环境连片整治示范协议》、市政府《重庆市农村环境连片整治示范项目实施计划》（渝办[2010]79号）市环保局、市财政局《重庆市农村环境连片整治项目管理暂行办法》（渝环发[2010]100 号）、《重庆市农村环境连片整治示范项目技术指南（试行）》（渝环〔2010〕290号）规定执行。专项资金不支持原已开工项目、已完工项目和上述文件规定的不支持项目。
第十条 申请专项资金50万元以下的项目，需提交申请报告、项目建议书及资金概算；申请资金50万元及以上的项目，还需提交由相应资质单位编制的项目实施方案，按规定需进行环境影响评价的项目，应出具环境影响报告书（表）批复文件。
第十一条 申请环保专项资金资助的项目原则上全年均可申报。每年11月后申报的项目纳入下年度管理。
第十二条 项目申报材料（包括电子件）经区县环保局审查，报市环保局受理、初审后进行评审、立项。项目评审工作分批集中进行；地方配套资金由区县财政局出具相关承诺意见。每年评审工作最迟于10月底结束。
第十三条 项目评审、立项按以下程序进行：
1.项目初审。市环保局根据有关规定，对项目的必要性和可行性、申报条件的符合性和申报材料的完整性、规范性、真实性等进行初步审查。
2.部门会审。经市环保局、市财政局审查同意后，市环保局七个工作日内完成分类会审，提交会审意见。
