根据上述职责，市知识产权局设4个内设机构：
（一）办公室
负责文电、机要、档案、保密、信访、会务、财务等日常工作；负责机关组织、人事、编制、纪检监察、党群、政务公开等工作。
（二）专利管理处
负责拟定全市专利工作政策、发展规划草案；负责专利数据统计分析；制定全市专利信息网络发展规划并组织协调规划的实施；指导全市各部门和区、县（市）、园区的专利管理工作；负责专利技术产业化工作；会同有关部门指导和规范知识产权无形资产评估工作；拟定专利技术交易和专利代理中介服务体系发展与监管的政策措施草案。
（三）专利执法处
负责拟定全市专利执法工作有关政策、制度草案；会同有关部门建立专利执法协作机制，负责专利行政执法工作，依法调处专利侵权纠纷和查处假冒专利的行为；指导全市各区、县（市）的专利行政执法工作；实施专利纠纷案例、涉外案例的报告备案制度；为政法机关提供涉及专利案件的咨询意见；负责协调全市涉外专利纠纷；负责指导知识产权维权援助与举报投诉办理工作；指导建立市专利预警应急机制，组织专利风险预警和重大专利事件应对工作。
（四）协调处（版权管理处）
负责组织协调全市保护知识产权工作，推动全市知识产权保护工作体系建设，承担市知识产权协调领导小组办公室的日常工作；研究拟定全市知识产权工作政策措施和发展规划草案，并负责组织实施；开展专利、版权工作的国内外联络、交流与合作；负责专利、版权听证、复议和行政应诉等法制工作；负责推进青少年知识产权普及教育工作；负责拟定知识产权软课题研究计划。组织实施国家、省版权战略纲要和版权相关法律、法规、规章、政策；指导区、县（市）著作权管理工作；承担市软件正版化推进领导小组办公室的日常工作，组织实施全市软件正版化推进计划；承担数字网络版权的监管工作；负责著作权出质登记管理和著作权许可使用合同、转让合同备案管理工作；拟定全市版权产业发展规划并指导实施；监督、指导全市涉外版权贸易工作；联系著作权相关协会工作；监管全市作品自愿登记工作；负责版权信息统计工作；受理、调处版权纠纷并实施相关处罚。
机关党支部。负责局机关和直属单位的党群工作。
纪检（监察）机构按有关规定设置。
四、人员编制
市知识产权局机关全额拨款事业编制21名（含机关后勤服务编制1名），其中：局长1名，副局长3名，纪检组长1名；处长（主任）领导职数6名（含机关党支部专职副书记1名、纪检监察负责人1名），副处长（副主任）领导职数4名。内设机构级别按长发〔2001〕36号文件确定。
