基层医疗卫生机构的收支结余要按规定留用或上缴。具备条件的地区可以实行收支两条线管理，基本医疗服务等收入全额上缴财政，开展基本医疗和公共卫生服务所需的经常性支出由政府核定并全额安排。
各地级以上市财政、卫生部门要会同有关部门根据政府卫生投入政策，结合本地实际制定基层医疗卫生机构经常性收支核定和差额补助的具体办法，确保政策落实到位，有关办法要于2011年7月1日前印发执行，并报省深化医药卫生体制改革领导小组办公室、财政厅、卫生厅备案。
三、大力推进基层医疗卫生机构综合改革
（一）明确基层医疗卫生机构的功能定位。
基层医疗卫生机构主要提供基本公共卫生服务和基本医疗服务，其诊疗科目、床位数量、科室设置、人员配备、基础设施建设和设备配备要与其功能定位相适应。省卫生厅要根据国家要求和我省实际明确基层医疗卫生机构的功能和服务范围。对服务能力已经超出基本医疗服务和公共卫生服务的基层医疗卫生机构，特别是一些服务人口较多、服务能力已经达到二级医院标准的乡镇卫生院，可将其转为二级医院（其转为二级医院后应在当地设立相应的基层医疗卫生机构），或将其超出功能定位的资源整合到县级医院；也可以对其承担的基本医疗服务和公共卫生服务采取购买服务的方式进行补偿。引导和鼓励基层医疗卫生机构提供中医药等适宜技术和服务。
（二）完善基层医疗卫生机构人事分配制度。
要加强基层医疗卫生机构人员编制管理，尽快完成人员编制标准的核定工作。各地以县级区域为单位核定基层医疗卫生机构的总编制，由县级机构编制部门会同卫生部门结合常住人口及实际工作量统筹安排、动态调整各基层医疗卫生机构的人员编制。中山、东莞市由市级机构编制部门会同卫生部门核定基层医疗卫生机构人员编制。要在核定编制的基础上，指导基层医疗卫生机构实行以聘用制度和岗位管理制度改革为主要内容的人事制度改革。要研究制定相关政策，妥善安置未聘人员，相关费用由政府按国家有关规定统筹解决。同时，要将实施基本药物制度的基层医疗卫生机构的绩效工资制度同步落实到位。
（三）充分发挥医保对基层医疗卫生机构综合改革的促进作用。
依托城乡基层医疗卫生机构，加快推进基本医保门诊统筹，将一般诊疗费纳入支付范围，并逐步提高参保人员在基层医疗卫生机构就诊费用的报销比例，进一步引导群众到基层医疗卫生机构看病就医。各地要积极推进医保付费方式改革，探索按人头付费、按病种付费、总额预付等付费方式，引导基层医疗卫生机构主动开展服务，努力提高服务质量，合理控制服务成本。
