财政部门负责新农合基金的管理、监督、拨付及履约保证金的管理与委托管理费用的支付工作，研究制定加强新农合基金管理和监督的具体政策措施，协调上级财政补助资金到位，落实市、县两级财政补助资金。加强商业保险机构周转金管理，确保专款专用。按财政管理体制，落实本级管理机构的人员和办公经费。
计生部门负责独生子女和计生双女户家庭的审定及其家庭成员个人缴纳参合资金的落实，配合做好新农合的宣传发动工作。
民政部门负责农村低保家庭、五保户的审定及资助其参合个人缴纳资金的筹集，落实医疗救助政策。
审计部门负责将新农合基金财务收支和管理情况纳入审计计划，保障基金安全。
食品药品监管部门负责加强农村药品监督网络和药品供应网络建设，方便农民得到安全、有效的药品。
人事编制部门负责农村卫生人才情况调研及农村卫生人才政策的制定，推进农村卫生机构人事及分配制度改革，引导和促进卫生技术人员到农村基层服务。督促落实新农合监督管理机构人员编制。
金融工作部门协调省保监局，加强对中标商业保险机构的日常管理。
第三章 筹资额度及补助标准
第十条 农民自愿以家庭为单位整体参加新农合，个人缴纳费用和中央、省、市、县（市、区）各级财政补助费用按相关政策规定执行。
农村居民中的五保户，低保家庭，独生子女领证户和计生双女户的家庭成员，参加新农合个人应缴纳的费用，由各县（市、区）民政部门和计划生育部门按有关规定和程序给予资助。
第十一条 对参合农民医疗费用的补助，分为小额（门诊）医疗费用补助和大额（住院）医疗费用补助两部分。具体补助标准和不予补助范围按市、县（市、区）两级相关规定执行。
第四章 运行程序
第十二条 资金筹集
县（市、区）政府组织辖区各乡镇政府、街道办事处和村（居）民委员会筹集新农合资金，资金筹集程序如下：
（一）按照自愿原则，村委会积极引导、动员农民以家庭为单位参加新农合，缴纳参合资金，逐人逐户进行登记造册，并开具省财政厅统一印制的“新农合基金专用票据”，以行政村为单位将筹集的资金汇缴乡、镇、办财政所；各乡镇政府和街道办事处汇总所辖行政村交费名单和农民参合资金后，核准上缴本县（市、区）财政部门新农合财政基金专户；农村居民补充医疗保险筹集资金由商业保险机构及所属县（市、区）分支机构负责管理。
