深化军民结合改革。发挥军工科研单位的技术溢出作用，以军民两用的重大产品和项目为突破口，推动军用和民用高新技术双向转移，以民用船舶、电子信息和民爆器材为重点，推进军民结合型产业发展。引导和支持试验区内相关企业开展军品质量体系认证，进入国防装备研发和生产体系。落实省政府与中电科技集团战略合作框架协议，支持中电科技集团建立安徽区域总部。支持建设合肥公共安全产业基地、芜湖支线飞机零部件产业基地、蚌埠依爱电子产业园。
深化土地和行政管理改革。科学修编土地利用总体规划，总结推广合肥国家集约节约用地试点经验，支持芜湖、蚌埠申报国家试点，积极盘活存量土地。创新土地管理模式，优先保障高新技术产业项目发展用地。高新区率先开展土地集约利用评价工作，不断提高高新技术产业用地率、闲置土地处置率和单位面积投资强度，加快建设“科技产业用房”。深化行政体制改革和政府管理创新，进一步清理行政审批、行政许可、行政收费事项，下放高新技术企业和创新型企业认定等方面的管理权限，提高行政效能，提升科技服务社会管理的能力。
深化科技教育管理改革。落实《安徽省中长期教育改革和发展规划纲要》，健全充满活力的教育管理体制、办学体制和人才培养体制，完善高校科技创新体制机制，形成一批高水平科技成果，加快高校科技成果转化和产业化。突出需求导向，引导高校和科研院所围绕企业生产一线的技术需求，开展产学研联合攻关。进一步完善科技项目招投标、中介机构独立评估、项目监理等制度，提高管理的科学化和规范化水平。加强重大项目凝练和储备工作，加强与国家、部门、市（县）科技计划的衔接，强化资源集成。
第四章 保障措施
第一节 强化统筹协调
依托试验区工作部际协调小组，争取国家在战略性新兴产业发展、重大科技工程布局、创新平台建设、创新政策试点等方面的支持和指导。发挥国家技术创新工程试点暨合芜蚌自主创新综合试验区工作推进领导小组的统筹协调作用，解决试验区改革发展中的重大问题。坚持以市为主，进一步强化三市的主体责任。省直相关部门密切配合，改进服务方式，提高服务效率。
第二节 强化开放融合
强化区域内联动合作，加强试验区总体发展战略研究和顶层设计，引导三市在规划编制、重大基础设施建设、产业发展等方面联动合作，鼓励创新要素合理流动，形成资源共享、优势互补、错位发展的格局。强化区域间开放融合，广泛利用国内外尤其是“长三角”地区科技资源，共同开展合作研究，联合申报国家重大项目。充分发挥江浙沪皖长三角科技资源共享平台作用，推进科技资源共享向纵深拓展。加强引进消化吸收再创新，注重引进高端人才、创新团队、研发机构和科技型企业，实现自主创新、承接产业转移和产业升级的有机统一。
第三节 强化政策激励
推进试验区立法工作，促进《合芜蚌自主创新综合试验区条例》出台。加大政策宣传、培训、评估和督查力度，全面落实省及试验区的各项政策措施，尤其是高新技术企业、研发费用加计抵扣等税收优惠政策，做到应享尽享、用好用足。积极争取国家有关部门在试验区开展股权激励、发展战略性新兴产业、科技和金融结合、政府采购自主创新产品等政策试点。完善科技成果转化激励政策，设立科技成果转化专项资金，建立重大科技成果收储制度，设立科技成果转化“一站式”服务窗口，完善科技成果转化的中介服务体系，促进科技成果向现实生产力转化。
第四节 强化科技投入
完善试验区专项资金项目扶持机制，加强重大项目的储备和凝练，建立重大项目备案库，资金跟着项目走，集中资金持续稳定地支持重大专项，支持战略性新兴产业关键技术攻关，支持重大科技成果转化和产业化。加强专项资金项目的审计、绩效评估和督查，建立追踪问效机制。创新财政科技投入方式，采取无偿资助、后补助、贷款贴息、风险投资等多种方式，发挥财政资金的杠杆作用。强化省市联动，三市要确保配套资金足额到位和及时拨付，引导企业加大研发投入。
第五节 强化考核评价
建立以产业、科技、人才和改革成果为核心的试验区考核评价体系，加大对三市、重点高校和科研院所、省直相关部门的考核，建立网上统计工作平台，开展月度、半年度和年度统计。三市和省各有关部门都要结合自身实际，编制相应的发展规划，并纳入年度计划认真贯彻实施。三市、省直相关部门年度任务完成情况纳入政府目标考核。加强试验区建设监测分析，及时总结、宣传和推广试验区建设好的典型、经验和做法，营造有利于自主创新的良好环境与氛围，促进试验区加快发展。
