（一）项目申报审批。按照《中央农村环保专项资金环境综合整治项目申报指南（试行）》（财建便函〔2009〕17号）的具体要求，坚持逐级上报、专家审核、层层筛选的原则，确定项目总数及投资额度。项目由县（市、区）政府组织申报，省辖市财政、环保部门审查，经省辖市政府同意，报省财政厅、环保厅初审，经省农村环境连片综合整治工作领导小组审核同意后报财政部、环保部备案，并下达各省辖市组织实施。
（二）项目实施。乡镇政府在省财政厅下达资金预算20个工作日内，将经省辖市财政、环保部门审核同意的项目实施方案报省财政厅、环保厅审查，并根据审查意见进行修改，修改完善后报省环保厅备案。项目一经批准，申报单位不得擅自调整、改变建设内容，不得降低目标要求、压缩投资规模。如确需调整，须经省辖市财政、环保部门审核同意，报省财政厅、环保厅批准。项目采取公开招投标方式，由省辖市财政、环保部门视当地情况统一安排招投标，乡镇政府负责组织具体项目施工。省辖市环保部门在项目实施30个工作日内将项目设计施工图纸、招投标文件、工程预算书、工程施工合同等材料报省环保厅备案。省辖市财政、环保部门要加强对项目的指导、督促和考核验收，并在县（市、区）政府提出项目工程竣工验收申请1个月内组织相关部门及行业专家开展验收，省辖市环保部门在项目通过工程验收40个工作日内将工程竣工报告、项目决算书等报省环保厅备案。省环保厅对验收合格项目进行抽查。省直管县、财政直管县项目的申报、实施、管理办法由省财政厅、环保厅依照有关规定另行制定。
（三）实行农村环境连片综合整治项目公示制。各级财政、环保部门要及时在当地主要新闻媒体、本部门门户网站公布项目实施、资金使用及验收考核情况。乡镇政府要会同村委会将项目建设内容和资金安排在村庄张榜公布。
六、保障措施
（一）加强领导。在省环境保护委员会下成立省农村环境连片综合整治工作领导小组，组长由省环境保护委员会主任、副省长张大卫担任，副组长由省政府副秘书长胡五岳、省财政厅厅长钱国玉、省环保厅厅长马懿担任，成员由省环委会其他13个成员单位、省委农办及省畜牧局的主要领导组成，统一领导全省农村环境连片综合整治工作。领导小组下设办公室，办公室设在省环保厅。省辖市及各县（市、区）政府负责辖区内农村环境连片综合整治工作，要建立相应工作机制，加强对组织实施的领导。
