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乡镇卫生院的人员、资产划归县医院管理，县医院和乡镇卫生院保留各自原有机构设置和行政建制，乡镇卫生院可增挂县医院分院的牌子。管理一体化后保持县医院、乡镇卫生院人员编制总数不减、财政经费投入不减。乡镇卫生院的公共卫生服务人员由县级疾控、卫生监督、妇保等机构派驻。
（二）改革内部运行机制
明确县医院与乡镇卫生院各自的功能定位和工作职责，按照单独核编、统一使用的原则，科学核定县医院、乡镇卫生院的人员编制，完善人员补给机制，县医院和乡镇卫生院的人员编制应保持相对稳定。乡镇卫生院人员与县医院人员在福利待遇、职称评审、选拔使用等方面享有同等权利。按照“岗位相对固定，人员按需流动”的原则，由县医院统筹使用调配人员，实行岗位绩效工资制，按需设岗，竞聘上岗，按岗聘用，合同管理，福利待遇适当向乡镇岗位倾斜。
（三）强化卫生服务功能
按照乡镇卫生院的功能定位和群众就医需求，县医院调配相关人员到乡镇卫生院工作，发展适宜的技术与特色科室，将其业务由原来的简单服务转为集预防、医疗、保健、健康教育、康复、计生技术指导、卫生监督的综合服务模式。实现“常见病到卫生院，大病到医院，康复回卫生院”的双向转诊就医模式，全面推进以卫生院为重点的医疗卫生服务体系建设，减轻患者负担，减少因病致贫、因病致困的发生，并消除可能由此带来的隐患，实现资源共享，优势互补。
（四）加强公共卫生管理
按照陕政办发119号文件提出的“三个统一”、“三个不变”原则，乡镇卫生院承担的公共卫生职能不变，工作由乡镇卫生院统一管理。乡镇卫生院公共卫生科科长由一名副院长兼任，公共卫生科工作人员数量依据所承担的任务合理设置，其所占编制依据岗位业务性质，分别上划到县级疾控中心、妇幼保健院（站）、卫生监督所等专业公共卫生机构，实现基层公共卫生和区县级公共卫生服务一体化。
（五）完善现行财政政策
进一步完善现行财政投入政策和渠道，县医院实行差额预算，政府负担在岗医务人员基本工资的比例不低于70%，县中医院、妇幼保健院实行全额预算管理，按照《西安市人民政府关于加强农村卫生工作的实施意见》（市政发〔2006〕127号）要求，镇卫生院人员工资由区县财政全额安排，采取“财政拨付总额预算，工作岗位按需确定”等方式进行人员经费动态管理。有条件的区县逐步实行县级公立医院及乡镇卫生院收支两条线管理。
（六）健全内部领导体制
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