实施基本药物制度后，政府举办的乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构的人员支出和业务支出等运行成本通过服务收费和政府补助补偿。基本医疗服务主要通过医疗保障付费和个人付费补偿；基本公共卫生服务通过政府建立的城乡基本公共卫生服务经费保障机制补偿；经常性收支差额由政府按照“核定任务、核定收支、绩效考核补助”的办法补助。各地要按照核定的编制人员数和服务工作量，参照当地事业单位工作人员平均工资水平核定工资总额。政府负责其举办的乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构按国家规定核定的基本建设经费、设备购置经费、人员经费和其承担公共卫生服务的业务经费，按扣除政府补助后的服务成本制定医疗服务价格，体现医疗服务合理成本和技术劳务价值，并逐步调整到位。按上述原则补偿后出现的经常性收支差额由政府进行绩效考核后予以补助。政府对一体化管理的行政村卫生室承担的基本公共卫生服务和实行药品零差率给予补助。补助资金由同级财政统筹上级资金统一安排到乡镇卫生院，由乡镇卫生院根据任务完成情况拨付到村卫生室，村卫生室依据内部绩效考核结果进行分配。调整基层医疗卫生机构收费项目，将现有的挂号费、诊查费、注射费（含静脉输液费，不含药品费）以及药事服务成本合并为一般诊疗费，不再单设药事服务费。一般诊疗费按照省定的收费标准为9元，并在不过多增加群众现有个人负担及过度医疗的前提下，合理确定医保支付比例。医保支付比例及具体办法按照省定办法标准执行。调整医疗服务收费及医保支付政策应在已实施基本药物制度及已开展基本医保门诊统筹的基层医疗卫生机构先行执行。基层医疗卫生机构其他服务仍按现有项目和标准收费。对已合并到一般诊疗费里的原收费项目，不得再另行收费或变相收费。卫生、人力资源社会保障、价格等相关部门要制定具体监管措施，防止基层医疗卫生机构重复收费、分解处方多收费。
三、核定任务
基层医疗卫生机构主要提供基本医疗服务和公共卫生服务。
（一）基本医疗服务主要包括：提供常见病、多发病的初级诊治以及诊疗明确的慢性非传染性疾病的护理；提供急诊抢救及转诊转院服务等。基本医疗服务任务根据机构服务能力、服务人数、近三年门（急）诊量和出院人次变动等情况核定。
（二）公共卫生服务主要包括：提供基本公共卫生服务，包括建立居民健康档案、健康教育、预防接种、传染病防治、高血压糖尿病等慢性病管理、重性精神疾病管理、儿童保健、孕产妇保健、老年人保健等；协助实施重大公共卫生服务项目；协助处置突发公共卫生事件；承担对村卫生室、社区卫生服务站的人员培训、技术指导等。公共卫生服务任务根据服务人数和当地确定的公共卫生服务项目内容和数量、质量要求等情况核定。
