补充耕地指标收购资金按照国库集中支付改革的要求，拨付到项目法人单位。所有项目资金必须专帐核算；县级国土资源部门要严格按照土地开发整理项目管理和资金管理的有关规定做好项目实施管理工作，市下拨的收购资金除用于项目开支外，节余部分可用于耕地占补平衡项目的后续管理和耕地保护其它相关工作，要专款专用，确保国家资金安全。
四、调动基层工作积极性，保障广大农民受益
土地开发复垦补充耕地是一件利在当代、造福子孙、利国利民的好事，各县市区要充分调动广大干部群众参与土地开发复垦补充耕地的积极性。补充耕地项目涉及到乡、村、组和村民的切身利益，为有利于工作的开展，加快项目实施进度，要安排适当的乡村工作协调补助费用。对补充耕地项目涉及的林木和土地权利人的青苗按项目面积给予适当补偿，列入项目工程成本。工程竣工验收后，及时交付村组和土地权利人使用，切实保障农民受益。
五、鼓励社会投资者参与开发复垦，自筹资金补充耕地
为调动社会各方面积极性，采用市场化运作方式，多途径、多渠道补充耕地，鼓励有条件的社会投资者利用承包经营权已经流转的土地，自筹资金补充耕地，社会投资者负责项目申报、测量、可研和规划设计预算编制、项目实施、项目验收后三年内工程设施管护和耕种措施的落实工作。国土资源部门负责自筹资金补充耕地计划管理、项目选址、立项、规划设计预算审查、项目验收确认、报备、补充耕地变更调查、后续管理和项目资料管理工作。
自筹资金补充耕地项目实施前，社会投资者应当按审核批复的项目规划设计预算与县级国土资源部门签订自筹资金补充耕地指标收购协议，明确收购价格、收购价款的拨付时间与方式以及双方的责权利。
自筹资金补充耕地经验收确认，并向县级国土资源部门移交项目资料后，补充耕地指标由县级国土资源部门按已签订的自筹资金补充耕地指标收购协议收购，收购资金80%部分在项目验收确认后拨付，20%部分作为三年工程和耕种措施保证金，分三年按5%、5%、10%的比例复检合格后拨付。市国土资源部门统一对县市区按水田11000元／亩、旱土9000元／亩的标准收购，80%部分在项目验收确认后拨付，20%部分作为三年工程和耕种措施保证金，分三年按5%、5%、10%的比例复检合格后拨付。
自筹资金补充耕地纳入全市补充耕地总计划，不超过总计划的30%，分解下达到各县市区。社会投资者通过“随机抽取法”竞得自筹资金补充耕地计划指标，指标有效期为一年。具体项目由社会投资者和土地权利人经村、乡（镇）共同向县级国土资源局申报、选址、立项，编制规划设计预算并按规定程序报批。项目资料不齐全，施工达不到统一规定的设计施工验收标准的，国土资源部门不予收购，社会投资者投资风险自负。
