第二阶段为全面检查阶段。5月-8月，各检查组在各单位自查自纠的基础上，对全市医疗机构和相关单位开展全面深入检查。
第三阶段为整改处理阶段。9月-10月，各区县对检查中发现的问题依法进行处理，同时要求被查单位制定整改措施。检查工作结束后，要进行全面认真的总结，包括工作的组织情况、取得的成效、存在的问题、典型案例、下一步的工作措施和建议，并将医药价格大检查的总结报告于2011年10月底前分别报送市价格、纠风、卫生主管部门。
三、检查的重点和内容
（一）检查的重点
政府定价药品最高零售价执行情况；基层医疗卫生机构基本药物零差率政策执行情况；医疗服务价格项目规范执行情况；一次性医用耗材、检查检验的价格与收费执行情况。
（二）检查的内容
1、政府定价药品是否按规定价格执行、有无越权制定价格，是否存在突破政府规定的最高零售价格销售，或者采取改换药品名称、规格及包装等形式变相涨价的；
2、医疗机构销售药品是否严格按规定政策执行，有无变换方式，抬高名义进价、降低实际进价，变相提高加价率的行为，医院自制药品价格是否按照价格主管部门规定的作价办法核定；
3、实施基本药物制度的基层医疗卫生机构销售药品是否严格按照本市有关规定执行零差率政策；
4、医疗机构是否按规定的医疗服务项目和标准收费，有无自立项目、自定标准收费，分解项目收费，以及强制服务、强行收费、只收费不服务或多收费少服务的；
5、医疗机构使用一次性医用卫生材料是否按规定的价格或收费标准执行，有无分解项目重复收取一次性卫生材料费的；允许单独收费的，有无超过最高零售价，以及采取虚增使用数量等方式变相多收费的；
6、医疗机构销售高值植（介）入类医用耗材有无超过规定的价格水平；
7、政府主导的药品集中采购工作机构有无擅自立项收费的；
8、基本药物集中采购平台是否按照规定免费向基层医疗卫生机构和药品生产经营企业提供服务；
9、明码标价、收费公示和明细清单执行情况。
（三）检查的主要依据
1、《关于印发＜关于改革上海市药品价格管理的实施办法＞的通知》（沪价商〔2000〕第331号）
2、《关于印发＜上海市一次性使用和植入型医疗器械价格管理办法（试行）的通知》（沪价商〔2003〕05号）
