3.补偿方式。参合农牧民住院终结，持《新农合证》、户口薄（或身份证）、住院诊断证明、住院统一发票、住院医疗费用清单在定点医疗机构或各区（县）新型农牧区合作医疗管理中心办理大病救助申请手续及大病救助补偿。
（四）新生儿补偿。
新农合年度筹资时未出生的新生儿在产后10日（含10日）内因疾病住院而发生的医药费用应纳入补偿范围，新生儿出生10日后因患疾病所发生的住院费用在新农合运行年度内不予补偿，鼓励孕产妇为即将出生的孩子提前缴纳参合资金。
（五）二次补偿。
在新农合运行年度内，新农合统筹基金结余率（不含风险基金）在20％以上的，可对新农合运行年度内已发生住院补偿的参合农牧民实行二次补偿。
（1）补偿范围。凡在新农合运行年度内，参合农牧民发生住院补偿但累计住院补偿费用尚未达到规定封顶线的参合农牧民（重大慢性病、住院正常分娩补偿除外），均属二次补偿范围。
（2）补偿标准。对参合农牧民住院可补偿费用按比例进行二次补偿。具体为，参合农牧民第二次补偿应补金额＝参合农牧民第一次住院时应补偿的费用×本年度内合作医疗统筹基金预计结余总额÷本年度内合作医疗统筹基金预计补偿总额。
（3）补偿规定。凡在新农合运行年度内，第二次补偿费用与原来已得到补偿费用的总和不得超过规定封顶线；多次住院已获得补偿的参合农牧民，二次补偿时只按照第一次住院可补偿费用计算；对享受保底补偿的，若第二次补偿已超过原最低补偿标准，按第二次补偿金额减去已发的最低补偿额进行补偿。二次补偿的比例视资金结余情况而定。
（4）二次补偿不作为经常性补偿项目。
（六）材料费用补偿：参合农牧民住院需使用医用材料时，单价200元（含200元）以下的全部纳入补偿范围，单价超过200元的材料，国产先自付20%、进口先自付40%，然后再按原比例报销。
第二十条 由各级残联和新型农牧区合作医疗在基金共同支付的项目，按相关规定执行。
第二十一条 下列情况，不列为合作医疗住院补偿范围：
（一）住院期间的空调费、赔偿费、电视费、电话费、食品保温箱费、电炉费、陪护费、院外会诊费、会诊交通费、救护车费用、膳食费；
（二）住院期间未经住院医师允许到其他医疗机构做各种检查和治疗的一切费用；
（三）因打架斗殴、自残自杀、吸毒、麻醉品成瘾、酗酒、违法、犯罪、交通事故（无责任人的除外）造成的住院费用；
（四）镶牙、配镜、自购药品、按摩、婚前检查、医疗美容、健美项目及非功能性整容、矫形手术等；
（五）医疗事故等发生的医疗费用；
