根据上述职责，市铁路办公室设4个内设机构：
（一）综合处（财审处）
协助办领导处理机关日常工作，负责思想政治和宣传教育工作；负责有关重要会议和活动的组织；负责起草有关重要报告和文件；组织开展宣传报道、信息发布与收集、调查研究、教育培训等工作；负责文电、档案、保密、信访、政务公开、后勤保障工作；负责机关机构编制、干部考核、任免、调配、奖惩、工资等工作；组织开展对党务、政务、业务等相关工作进行协调和督查；联系县（市）区铁路办，协调处理相关事务；指导铁路系统内文明创建工作；组织参与铁路建设资金的筹措工作，并对铁路建设资金实行全程监管；负责制定本办机关财务管理办法并组织实施。
（二）规划计划处
负责研究编制全市铁路发展战略、中长期规划和年度计划；负责研究全市轨道交通可持续发展的政策和措施；组织协调全市铁路和轨道建设项目的前期工作；协助做好市区轨道交通的规划工作；负责全市铁路支线、专用线的行业指导工作；组织开展南通铁路枢纽的研究和规划工作；指导和协调全市铁路站场周边经济发展工作；负责铁路项目前期工作资料的收集和管理工作。
（三）工程监管处
组织本市境内铁路的征地拆迁工作，负责征地拆迁实施方案制订、计划下达和组织实施；指导、督促和检查县（市）区铁路部门开展征地拆迁工作；协调做好有关铁路建设设计优化工作；协调铁路建设过程中矛盾和问题，处理铁路建设与地方建设的关系；检查、督促铁路建设施工进度，并做好统计汇总工作；参与铁路工程质量和安全监督管理工作；负责做好工程施工质量保障体系的监督、检查；负责铁路建设的技术档案和征地拆迁档案的管理工作。
（四）运输服务处（护路联防办、站区管理办）
配合做好铁路运输工作，协调铁路运输和其他运输方式的联运协调；负责对全市铁路安全管理实施督查，组织开展全市铁路安全法规、知识的宣传和教育工作；及时协调处理影响和妨碍铁路安全的有关问题；指导和协调铁路治安综合治理；协助铁路营运部门做好道口的整顿、改造和管理工作，参与对辖区内铁路道口管理的检查监督；组织协调开展火车站站区综合秩序整治和管理工作，提升火车站窗口形象；掌握铁路旅客运输、货物运输的相关情况。
另按有关规定设立纪检组（监察室）。
三、人员编制
