（六）污染防治科
负责起草和组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、化学品、机动车的污染防治法规和规章；拟订有关污染防治规划并组织实施；组织协调全市重大环境污染事故和生态破坏事件的应急和调查处理；协调处理跨区域环境污染事故和纠纷；监督管理饮用水水源地环境保护工作；组织实施排污申报登记、跨区域河流断面水质考核等环境管理制度；组织实施环境保护标准和技术规范；参与指导和推动循环经济、环境保护产业发展，负责有关的清洁生产促进工作；开展企业环境信用评价工作。
（七）自然生态和农村环境保护科
组织编制全市生态保护规划；提出国家级、自治区级自然保护区新建和调整的申报或审批建议；组织开展生态环境质量状况评估和生物多样性保护、生物物种（含遗传资源）、农村生态环境保护工作；监督生物技术环境安全；指导、协调、监督各种类型自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；监督管理畜禽规模养殖的环境保护工作；指导生态示范创建和生态农业建设。
（八）核与辐射安全监督管理科
负责核安全、辐射环境安全、放射性废物、固体废物的监督管理；承担核事故、辐射环境事故的应急和调查处理；对核设施安全、放射源安全、放射性废物和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实施监督管理；承担电磁辐射、伴有放射性矿物资源开发利用项目环境影响评价文件的审批、竣工验收及日常监管工作；参与反核与辐射恐怖袭击工作。
（九）人事科
承担机关、所属单位的人事管理和机构编制工作；组织、指导和协调环境保护宣传教育和培训工作；指导全市环境保护队伍建设工作；负责县（区）环保部门领导干部的双重管理工作；负责局机关离退休干部的管理工作，指导所属单位的离退休人员工作；负责机关及所属单位的党群工作。
机关党组织 负责机关及所属单位的党群工作，具体工作由人事科承担。
纪检监察室 负责机关及所属单位的纪检监察工作。
四、人员编制
南宁市环境保护局行政编制35名（机关行政编制30名，分局行政编制5名）。其中：局长1名、副局长3名，总工程师（副处长级）1名；科级领导职数18名（含正科级机关党组织专职副书记1名、分局领导职数5名）。
机关后勤服务人员控制数4名。
