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项目4：建立生物遗传资源获取与惠益共享制度
内容：开展国家生物遗传资源获取与惠益共享制度研究，制定相关法规和管理制度，并开展试点示范。项目为期10年。
项目5：土地利用领域生物多样性保护规划和示范工程
内容：在土地利用规划编制和实施过程中，以及土地整理复垦开发和土地整治项目设计中，充分考虑生物多样性保护的要求，保护当地物种和生态系统。在2个省份选择3-4个城市开展试点示范。项目为期10年。
项目6：城乡建设领域生物多样性保护与利用规划和示范工程
内容：在城乡建设中体现生物多样性保护与生物资源可持续利用内容。在充分调查的基础上，研究编制国家城市生物多样性保护规划，在城市绿地系统规划建设中体现生物多样性要素，并选择3-5个中等城市开展示范。研究如何将乡土物种和传统知识内容纳入到新农村建设与发展规划，并选择10-15个村庄开展示范。项目为期5年。
项目7：生物多样性保护纳入经济社会发展规划示范工程
内容：将生物多样性保护纳入国家和地方经济社会发展规划中。对我国社会经济发展形势、政府工作重点等进行综合分析，研究制定将生物多样性保护纳入国家和地区经济社会发展规划的指南，并选择1-2个部门和1-2个省（区）进行试点示范。项目为期10年。
项目8：优先区域生物多样性调查与编目
内容：对全国32个内陆陆地和水域生物多样性保护优先区域开展本底调查，包括生物物种资源的种类和种群数量、生态系统类型、面积和保护状况等，评估生物多样性受威胁状况，提出各优先区域自然保护区网络设计、生物多样性监测网络建设和应对气候变化的生物多样性保护规划。项目为期10年。
项目9：主要河流湖泊水生生物资源调查与编目
内容：开展长江、珠江、黄河、黑龙江等江河和鄱阳湖、洞庭湖、太湖、青海湖等湖泊水生生物资源的种类、种群数量和生存环境调查并编目，评估主要水生生物资源，特别是鱼类资源的受威胁状况，并提出保护对策。项目为期10年。
项目10：城市园林中迁地保护的生物物种资源调查与编目
内容：对主要城市动物园、植物园、树木园、野生动物园、水族馆及养殖场保存的物种进行调查、整理和编目，查明城市园林生物物种资源迁地保护现状，建立数据库和动态监测系统，保护和可持续利用重要动植物物种。项目为期3年。
项目11：少数民族地区传统知识调查与编目
内容：对我国少数民族地区体现生物多样性保护与持续利用的传统作物、畜禽品种资源、民族医药、传统农业技术、传统文化和习俗进行系统调查和编目，查明少数民族地区传统知识保护和传承现状，建立我国少数民族传统知识数据库，促进传统知识保护、可持续利用和惠益共享。项目为期10年。
项目12：生物多样性监测网络建设与示范工程
内容：开发针对不同生态系统、物种和遗传资源的监测技术，研究制定生物多样性监测标准体系。依托现有的监测力量，提出全国生物多样性监测网络体系建设规范，并开展试点示范。项目为期10年。
项目13：农业野生植物保护点监测预警系统建设
内容：建立农业野生植物保护点监测预警系统，以现有的农业野生植物保护点为对象，每个物种选择1-2个保护点进行系统研究，制定监测指标，建立保护点监测和预警信息系统，提高监测和预警能力。项目为期5年。
项目14：湿地保护和恢复示范及重要湿地监测体系建设
内容：选择我国一些重要区域的不同类型湿地，开展保护、恢复和可持续利用示范，形成湿地保护、恢复和可持续利用的模式。在36个国际重要湿地建设监测设施，配备专业技术人员，建立全国国际重要湿地监测网络，定期提供动态监测数据，全面掌握我国国际重要湿地的动态变化。项目为期8年。
项目15：传染性动物疫源疫病对生物多样性的影响评估
内容：在全国范围内开展传染性动物疫源疫病本底调查，摸清传染性动物疫源疫病现状、空间分布及发展趋势。建立疫源疫病信息数据库，进一步分析疫源疫病分布与生物多样性的关系，并评估其对生物多样性的影响。项目为期10年。
项目16：全国生物多样性信息管理系统建设
内容：对国内现有生物多样性数据库进行系统整理，根据生态系统、物种、遗传资源、就地保护、迁地保护、生物标本、法规政策等内容，分层次、分类型建立数据库，研究提出生物多样性信息共享机制，逐步形成全国生物多样性信息管理系统。项目为期5年。
项目17：跨国界野生动物自然保护区建设与管理示范工程
内容：开展跨国界野生动物资源及其生存环境的科学考察，研究提出跨国界自然保护区建设和管理方法，探索建立跨国界保护管理体系和监测体系，并开展试点示范。项目为期8年。
项目18：海岸及近海典型生态系统保护与生态修复工程
内容：开展海岸及近海典型生态系统本底调查，摸清各类典型海岸及近海生态系统现状，研究制定海洋生态区划与保护示范。选择在沿海地区红树林、珊瑚礁、海草床、滨海湿地集中分布区及重要海岛生态区，实施海洋保护区建设工程。项目为期10年。
项目19：自然保护区建设管理工程
内容：开展全国自然保护区管理现状调查，建立全国自然保护区遥感监测体系和管理信息系统，加强自然保护区管护设施和能力建设，切实加强自然保护区管理。项目为期10年。
项目20：红树林生态系统恢复工程
内容：制订全国红树林保护和人工恢复计划，对退化严重的红树林生态系统实施生态恢复工程，研究开发红树林生态系统生态恢复和重建技术，遏制红树林退化趋势，促进红树林生态系统恢复。项目为期10年。
项目21：典型煤矿区退化生态系统恢复治理示范工程
内容：查明东北煤矿区和山西煤矿区生态系统退化状况，研究提出煤矿区的生态恢复治理技术和模式，选择典型区域开展试点示范，增强煤矿区退化生态系统的生态恢复能力。项目为期5年。
项目22：典型荒漠生态系统自然保护区建设与生态恢复工程
内容：开展典型荒漠生态系统生物多样性及其生态环境调查，摸清其生物多样性现状及生态系统空间分布，按照自然保护区建设标准或技术规范进行自然保护区建设规划和论证，实施生态恢复工程。项目为期5年。
项目23：自然保护区周边地区社区发展示范工程
内容：在确保自然保护区保护功能的前提下，研究建立保护区与周边社区的伙伴关系及共管机制，提出促进保护区周边社区经济社会发展的措施，并开展试点示范。项目为期5年。
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