根据上述职责，市水务局设16个内设机构：
　　（一）办公室。负责工作目标、文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、后勤、固定资产管理等工作；负责办理人大代表建议和政协委员提案。
　　（二）政策法规处（挂成都市节约用水办公室牌子）。起草有关地方性法规和规章草案；负责规范性文件的审查工作；拟订水务工作政策；承办行政诉讼、行政复议、行政调解和普法教育等工作；负责全市水务系统对外宣传和新闻发布工作；负责全市水政、渔政监察和水务行政执法的指导监督工作；负责全市水务行业科技情报工作，组织水务行业科学技术研究和重大科技成果的鉴定、评审、申报、应用和技术推广；承办水务行业对外经济技术交流与合作；编制节约用水规划，拟订节约用水政策，制定节约用水有关标准。
　　（三）规划计划处。拟订全市水务战略规划；组织编制重大水务综合规划、专业规划和专项规划；审核重大水务建设项目建议书和可行性研究报告；负责水务工程建设项目符合规划审查；承担水务综合统计工作。
　　（四）水资源管理处。统一管理水资源，组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和水资源论证；组织水资源调查、评价和监测工作；拟订全市和跨区（市）县水量分配、水功能区划分和水资源调度方案并监督实施；编制水资源保护规划；负责饮用水水源保护和城镇供水的水源规划；负责地下水开发利用工作；发布水资源公报。
　　（五）水域管理处。负责全市江河、中心城区湖泊和天然湖泊及其岸线的管理和保护；负责全市江河及河口、滩涂的治理和开发；审查重要涉河工程行洪论证与河势稳定评价报告；核定水域纳污能力，提出限制排污总量的建议；监测江河湖库的水量、水质，审查湖库、河道排污口的设置、改建和扩建；负责河道管理范围内的采砂管理；负责水域环境治理工作；负责对临时占用中心城区河道、河堤通道的监督管理。
　　（六）供水管理处。编制全市供水规划并监督实施；负责全市供水行业管理；指导供水行业特许经营的实施工作；组织制定供水行业的质量技术、运营服务等管理标准并监督实施；指导中心城区供水设施的新建、改建和扩建工作；指导城市节约用水工作；负责对供水企业（含自建设施供水企业）进行资质和行业管理；会同物价部门对城市供水价格进行核算。
　　（七）排水管理处。编制全市排水规划并监督实施；负责全市排水、污水处理、再生水利用的行业管理；指导排水行业特许经营的实施工作；按照排水行业的质量技术运营服务等管理标准负责全市排水、污水处理、再生水利用等基础设施运行的监督管理；组织实施城市排水许可和排水接管工作；会同物价部门对城市污水处理费价格进行核算；负责城市排涝的指挥与调度；负责污水处理厂（站）运营和排水户排水行为的监督管理；负责中心城区下穿隧道的监督管理。

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