水行政主管部门是农村饮水工程安全运行的行业管理部门，负责农村饮水工程的行业监管和技术指导。
卫生行政主管部门负责农村饮水工程卫生监督和管理，定期对农村（乡镇）集中供水水质进行抽检，指导农村集雨水柜（水池）进行消毒处理。
环境保护行政主管部门负责饮用水水源地的环境保护和污染防治。
教育行政主管部门负责农村中小学校校内二次供水的供水安全。
发展改革、民政、财政、国土资源、住房城乡建设、林业、审计、物价、电力等部门按照各自职责，相互配合，共同促进农村饮水安全保障事业的持续发展。
第二章 管理体制
第六条 农村饮水工程安全管理应根据投资渠道、工程规模，明晰工程产权，落实管理主体，成立管理单位或明确管理责任人，实行管理责任制，积极推行专业化管理与用水户协会相结合的管理体制。
第七条 农村集中供水工程、单户或联户修建的分散供水工程应当依法明晰产权，规范管理。有国家投资的农村饮水工程未经本级政府批准，不得转移、变性和拍卖。
由国家投资建设的农村饮水工程所形成的资产，其所有权归国家所有。
由集体投资建设的农村饮水工程所形成的资产，其所有权归集体所有。
由个人（企业）投资建设的农村饮水工程所形成资产，其所有权归投资者所有。
由国家、集体、个人（企业）共同投资建设的农村饮水工程所形成资产，其所有权由国家、集体、个人（企业）按出资比例共同所有。
无偿援助、捐赠资金建设的农村饮水工程所形成资产，其所有权归指定的接受援助或接受捐赠者所有；无明确指定的，其所有权归国家所有。
第八条 国家投资建成的农村供水工程按工程规模（具体由县级人民政府确定），实行分类管理，并按照所有权和经营权分离的原则，建立经营管理机制，按照不同投资类型确定经营者（以下简称供水单位）。
由城镇扩网解决农村饮水安全的工程，工程建成验收后，移交城镇自来水公司按照原有工程管理体制管理。
由国家投资建成规模以上的农村集中供水工程，由县级水行政主管部门直接监管，成立事业性质、企业管理的县级农村饮水安全工程经营管理机构负责经营管理，或通过竞争择优方式选取有资质的专业管理单位负责管理。
