（一）基金筹集。
实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制，积极探索建立稳定可靠、合理增长的筹资机制。当前，年人均筹资水平为150元，其中，中央财政60元，省财政54元（省直管县57元）、设区市财政3元（省直管县0元）和县（市、区）财政3元，农民个人缴费每人每年30元。
新农合基金每年筹集一次，按自然年度运行。每年第四季度开始收缴农民次年参合自缴费用，年底基本完成，外出务工、经商农民的个人参合费用收缴时间可根据实际情况延长至春节前后，但不得超过次年的2月底。
各地要积极探索符合当地情况，农村居民易于接受，简便易行的新农合个人缴费方式。可以采取农村居民定时定点交纳、委托乡镇财税所等机构代收、经村民代表大会同意由村民委员会代收或经农村居民同意后由金融机构通过农村居民的储蓄或结算账户代缴等方式，逐步变上门收缴为引导农村居民主动缴纳，降低筹资成本，提高工作效率。不论何种缴费方式，在收缴农村居民个人参合自缴费用后，应以村委会或以参合农民家庭为单位开具规定的收费收据。
（二）基金分配。
1风险基金。风险基金提取、使用和管理办法等按《江西省新型农村合作医疗试点县风险基金管理办法》（赣财社〔2004〕124号）和《江西省新型农村合作医疗基金财务制度》（赣财社〔2008〕30号）执行，其规模达到本年度统筹基金筹资总额的10%后不再提取。
2大病统筹基金（含门诊统筹基金）。中央及地方财政对参合农民的补助资金，以及开展门诊统筹的地区农村居民参合自缴费用全部计入大病统筹基金。门诊统筹基金从大病统筹基金划分出来，不高于当年筹资总额的30%。大病统筹基金用于对参合农民住院可报费用达到起付线标准的补偿、各统筹地区规定的门诊大病（慢性病）补偿、门诊统筹补助和住院分娩补偿等。
3家庭账户基金。设立家庭账户的统筹地区农村居民参合自缴费用不低于20%计入大病统筹基金，剩余部分为参合农民本人的家庭账户基金。
（三）基金结余。
统筹基金当年结余原则上控制在15%以内，累计结余不超过当年统筹基金的25%。基金结余过多的统筹地区，须按有关规定进行二次补偿。
四、补偿管理
（一）补偿模式。
实行“门诊家庭账户补偿＋住院可报费用按比例补偿＋门诊大病（慢性病）补偿”或“门诊统筹＋住院可报费用按比例补偿＋门诊大病（慢性病）补偿”模式。
各设区市要选择部分统筹地区开展住院统筹与门诊统筹相结合模式试点，主要是乡镇卫生院取消起付线、适当提高门诊补偿比例，门诊补偿比例和封顶线与住院补偿起付线和补偿比例有效衔接，取得经验后逐步推开。
