市财政委：根据审定的《基本农田改造详细规划》和概算安排基本农田建设和改造资金；审核各区政府（新区管委会）基本农田建设和改造政府投资资金年度支出计划和资金拨付申请；根据各区年度改造计划任务和核定的资金使用计划，将项目资金预拨到各区政府（新区管委会）；监督资金的使用和管理，开展绩效检查；参与《基本农田改造详细规划》审核。
市规划国土委：负责组织编制我市土地开发整理补充耕地专项规划，确定并发布基本农田改造范围线；根据有关规定审核各区征转地、附着物补偿和清场资金；负责将基本农田改造范围线内的用地移交各区政府（新区管委会）；协调各区政府（新区管委会）解决征转地中存在的历史遗留问题；审核各区政府（新区管委会）提出的征转地资金预算；负责开发整理补充耕地的专项验收并重点把好补充耕地数量关；参与《基本农田改造详细规划》审核。
市人居环境委：负责基本农田建设和改造项目环境监督管理；参与《基本农田改造详细规划》审核。
市农业局：承担市基本农田建设和改造联席会议办公室日常工作；负责组织《基本农田改造详细规划》的编制和审核，制订基本农田建设和改造相关政策、规则，分配改造任务，做好检查、指导和监督协调等工作；重点把好补充耕地质量关，并跟踪指导新增耕地后续经营管理。
市审计局：负责基本农田建设和改造资金的使用审计及竣工审计。
市水务局：负责指导基本农田水利配套设施建设；做好基本农田水利工程与市政给排水工程规划、建设的衔接，负责协调和解决基本农田灌溉和排水问题；参与《基本农田改造详细规划》审核。
市城管局：负责基本农田建设和改造涉及生态公益林林地的调整、报批，指导、监督各区政府（新区管委会）林业行政主管部门办理林木砍伐手续和基本农田配套设施占用林地手续；重点把好林业生态保护关；参与开发补充耕地项目的审查和验收；参与《基本农田改造详细规划》审核。
各区政府（新区管委会）：按我市基本农田改造相关规划及《
深圳市政府投资项目管理条例》等规定组织开展建设和改造工作；组织辖区内的基本农田建设和改造施工设计和预算的编制及审核；负责制定资金年度使用计划；负责土地征转及清场工作。
六、后续管理
