乡镇卫生院成立乡村卫生服务一体化管理办公室，协助县（市）区卫生行政部门负责本辖区乡村卫生服务一体化管理方案的组织实施。受县（市）区卫生行政部门的委托，承担依法管理村卫生室及监管本辖区的医疗服务市场、打击非法行医的职责。
第十六条 村卫生室实行以“公办院管”、“三制”、“两独立”、“五统一”为主要内容的一体化管理形式。
“公办院管”即由公有资产（国有、集体）兴办（包括过渡期个人垫资承办）的村卫生室，不论产权归属均由乡镇卫生院实行一体化管理。
“三制”即村卫生室执业人员实行聘任制、绩效考核制和提留卫生事业发展统筹基金制。
“两独立”即根据有关政策法规的规定，村卫生室为独立法人机构，独立承担开展业务发生的民事及相关责任；独立运营，独立核算，自负盈亏。
“五统一”即乡镇卫生院对村卫生室实行统一设置管理、统一人员管理、统一业务管理、统一药械管理、统一财务管理。
第十七条 村卫生室必须将《医疗机构执业许可证》、统一制作的牌匾、各项规章制度和收费标准、常用药价、药品配伍禁忌上墙，并挂于诊断室醒目位置。
第十八条 实施一体化管理的村卫生室，由登记机关依法注销和收回原《医疗机构执业许可证》，重新发放新的《医疗机构执业许可证》，并每年进行一次校验；未经批准，不得擅自停诊停业。
第十九条 村卫生室实行一体化管理后，方可向所在县（市）区新农合管理办公室申请村级新农合定点医疗机构。
第五章 业务管理
第二十条 县（市）区卫生行政部门要根据相关的文件，统一制定村级医疗各项规章制度、规范。
（一）乡镇卫生院对村卫生室要统一规章制度：村级医疗机构管理制度、医疗质量管理制度、会诊转诊制度、消毒隔离制度、财务管理制度、药品管理制度、传染病管理制度等各项规章制度和技术规范等。
（二）乡镇卫生院要建立乡村医生技术档案，统一村卫生室处方笺、门诊登记、传染病登记、计划免疫、妇幼保健、地方病多种表册登记和各种统计报表。
