湖泊缺水是我市湿地面临的一个实际问题，也成为制约我市湖泊湿地发挥生态功能的重要原因。湖泊缺水包括“水量”的缺少和“水质”的降低。由于湖泊湿地缺水，带来湖泊水量不足，水位达不到水平衡要求，水循环较差，致使水生态变差，也成为湖泊污染的一个因素；我市湖泊湿地的污染源有生活污水、工业废水、农业退水、农村污水，固体废物等，近年来我市加强了工业废水的治理达标，建设了5个城市生活污水处理厂，建设了城市集中垃圾处理厂，但城市内生活污水、生活垃圾对湖泊的污染，城市外农业退水、农村污水对湿地的污染不仅存在，有些时候还较严重。
5、一些湿地的建设和利用缺乏科学性
一些湖泊在开发建设中缺乏科学的规划设计。如一些湖泊在开发治理过程中采用石块加混凝土将湖四周全部砌护起来，割断了湿地与周围环境的生态循环，影响了生态系统的平衡和完整性；一些湖泊在治理中没有充分考虑水的流动和循环，造成许多“死水区”，成为水质污染的一个因素；一些湖泊淤泥长期淤积，得不到清淤，成为污染源；一些湖泊净水面较大，缺乏生物修复水体的功能。
世界和我国湿地保护的政策是“保护与合理利用”，二者是相辅相成、相互促进的。目前在湖泊湿地利用中的主要问题有：缺乏合理利用的规划设计，在利用的布局、项目、手段等方面，与湿地保护的方向有悖；湿地利用中没有充分考虑周边污染源的影响，甚至个别污染源建在了湖泊旁边；自然湿地的生态功能要优于人工湿地，个别湖泊在利用过程中人工化现象突出。
6、湿地保护管理投入不足
由于湿地生态系统的重要性、脆弱性，决定了湿地保护的长期性、复杂性。无论是实施湿地恢复、保护和合理利用的建设项目，还是进行湿地保护的资源调查、科研监测、宣传教育和管理等工作，资金投入不足是湿地保护管理面临的一个问题。目前国家和地方政府在湿地资源调查、保护小区及示范区建设、湿地生态补偿、湿地污染综合治理、湿地净化技术研究、湿地动态性监测与湿地宣教教育等方面尚缺乏专门的资金支持。
四、加强湖泊湿地保护管理的措施
（一）建立湖泊保护管理的工作机制，健全各级湿地保护管理机构
根据《宁夏湿地保护条例》的有关规定，县级以上人民政府林业行政主管部门为湿地保护的行政主管部门，负责湿地保护的组织、协调和监督管理工作，政府相关行政管理部门和单位应当依照职责分工，做好湿地保护和管理工作。
