2、管理体制不顺，管理机构不健全。
湿地保护管理涉及部门多，包括规划、土地、林业、水务、农牧、环保等，各自都被赋予一定的法律权限和职责。湿地权属复杂，国有、集体、个人承包等，甚至一块湿地存在几种性质，使得湿地保护协调管理难度很大。
根据《
宁夏回族自治区湿地保护条例》规定，林业部门是湿地保护管理的主要行政部门。目前，银川市辖区内县（区）市林业（园林）主管部门都把湿地保护管理的职责挂靠在内部相关部门，普遍存在没有专门机构、人员、经费的“三无”问题，有些部门基本不开展此项工作，导致湿地保护管理工作“空位”。有些部门和企业管理的湖泊湿地，管理机构和人员为临时性的，没有人员、经费保障，湿地保护工作得不到保证。按照国家级湿地公园的相关规定，应当建立具有事业性质的国家湿地公园管理机构，我市现有的四个国家级湿地公园都由不同性质的企业管理，湿地管理由企业负责，工作人员和经费由企业安排，由于受企业经济利益和效益的影响，湿地保护管理工作具有很大的局限性。
3、湿地保护管理基础薄弱
湿地保护是近年来一项新的工作，湿地保护管理工作的诸方面问题较多，如管理和专业人员缺乏，少有专门从事湿地保护研究的专业人员；湿地管理机构条件较差，如银川市湿地管理办公室目前没有固定办公地点，尤其是缺乏执法巡护及办公车辆，一定程度上影响了湿地保护管理工作的正常开展；湿地科研监测基础设施差，市湿地办争取了国家项目资金准备建设银川市湿地科研监测宣教中心及鸟类救护站，但目前由于选址问题尚未得到解决，至今没有开工建设，导致湿地科研监测、鸟类救护等工作滞后；湿地保护的科研和技术支撑体系不足，对我市湿地的结构、功能、演替规律、效益评价等方面缺乏系统、深入的研究，对湿地的保护性开发利用缺乏评价机制。
4、湖泊湿地缺水问题突出
我市主要水系爱伊河及与其连通的湖泊，由于有水务部门负责进行生态补水，保证了水的来源。但还有相当数量的湖泊存在着缺水补水问题。一是由于城市建设，使得原有的湖泊失去水来源，湖泊湿地有退化甚至消失的危险，如西林带湖等；二是有些湖泊补水来源仅靠单一渠水补给，如丽景湖、宝湖等，利用渠道进行补水，受渠道放水时间控制，不能及时补水，使湖泊枯水期加长。三是有些部门管理的湖泊湿地是公益性的，补水来源为渠水和井水，每年补水费用开支相当大，由于经费紧张，致使有些湖泊补水不及时。
