（四）负责保护区内水质、水量和污染物排放的监督管理，审定水域纳污能力，提出限制排污总量意见和污染防治方案。
（五）负责保护区内非法采砂和用地、违法使用滩涂、影响河道和堤坝安全、违规排放污染物等问题的经常性巡查和处理。
（六）负责保护区内水利设施、生态设施和环境保护项目的建设、管理和维护。
（七）编制保护区内采砂规划，综合管理保护区内河道采砂工作。
（八）在市防汛抗旱指挥部领导下，协调保护区内防汛抗旱工作。
（九）监督管理保护区内林木砍伐工作；负责保护区内退耕绿化、湿地保护、生态建设、水土流失防治和野生动物保护工作；负责保护区内农药和渔业捕捞管理；负责保护区内土地权属管理。
（十）承办市政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，市辽河保护区管理局设3个内设机构：
（一）综合办公室。
负责机关文电、信息等工作；负责机关日常工作的协调和督查；拟订保护区保护的中长期规划；负责保护区内土地利用规划和土地权属管理；负责保护区建设资金的筹措、使用和管理；组织开展保护区宣传教育工作；负责信访工作。
（二）建设管理处。
负责拟订有关河道治理规划；负责拟订保护区内水利设施管理、维护制度并监督实施；管理保护区内水利项目建设和维护，组织项目质量监督和工程验收；协调保护区内地区间的水事纠纷；监督管理保护区河道及堤防安全；负责保护区内水土流失防治及滩涂治理改造工作；负责保护区内水政监察和水行政执法工作；综合管理保护区内河道采砂和清淤；组织开展保护区内违法违规建房及其他建筑物的清理拆迁工作；负责保护区内乱采乱挖和影响河道、堤坝安全等问题的经常性巡查；协调保护区内防汛抗旱工作。
（三）污染防治处。
负责拟订有关污染防治规划；负责拟订保护区生态保护规划，开展生态状况评估；负责保护区内建设项目环境影响的评价工作；组织开展保护区水质、水量和环境监督管理，配合有关部门发布保护区内水质、水量和环境信息；负责保护区内农药管理、渔业捕捞管理；监督管理保护区内污染物排放；审定水域纳污能力，提出限制排污总量意见和污染防治方案；协调治理跨地区辽河支流入口区域环境污染问题；负责保护区内退耕绿化、湿地保护工作；拟订保护区内生态、环境保护设施管理、维护制度并监督实施；管理保护区内生态、环境保护等项目建设和维护，组织项目质量监督和工程验收；负责保护区内违法排污、水质和水量、环境、违法使用滩涂、捕捞和破坏湿地等问题的经常性巡查。
