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（三）水资源科（市节约用水办公室）
组织实施水资源论证、取水许可、水资源有偿使用等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；拟订水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源专项规划，指导饮用水水源保护、城市供水水源规划及非传统水资源开发的工作；指导入河排污口设置工作；指导计划用水和节约用水工作。
（四）政策法规科（行政审批办公室）
负责提出全市水利地方立法项目的建议，起草有关地方性法规、规章和规范性文件草案；承办机关规范性文件合法性审核；承办行政诉讼、行政复议、普法教育工作；负责全市重大水事违法案件的查处，协调、仲裁跨县（区）水事纠纷；指导、监督水政监察和水行政执法工作；牵头负责行政审批工作。
（五）建设管理科（科学技术科）
负责全市水工程建设与运行的行业管理，指导水利建设市场的监督管理；指导水利设施、水域及其岸线的管理和保护；指导江河、水库、滩涂、河堤的治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；负责水能资源及地方电力农村水电的行业管理，负责组织实施水电农村电气化和小水电代燃料建设工作；组织草拟市水利科学技术发展规划；组织重大水利科学研究，负责水利科技项目、成果的管理及推广工作；监督实施水利行业技术标准和规程规范；负责水利工程突发事件技术处理。
（六）农村水利科
组织协调全市农田水利基本建设，指导农田灌溉节水排水、农村雨水集蓄利用、农村饮水安全，指导水利行业供水和村镇供水工程建设与管理工作；负责组织、指导农村水利设施的管理与保护，指导农村水利管理体制改革和农村水利社会化服务体系建设。
（七）水土保持科
承担全市水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划、拟定水土保持管理规范性文件，并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；负责有关项目的水土保持方案审批并监督实施，组织水土保持设施验收工作；对水土保持法律、法规的执行情况实施监督。
（八）防汛抗旱指挥部办公室
承担市防汛抗旱指挥部的日常工作事务，履行指挥部授权的组织、协调、监督、指导全市防汛抗旱工作的职责。编制市防汛抗旱应急预案并组织实施，组织、指导编制各种防御洪水方案、防洪抗旱调度方案和应急水量调度方案并监督实施；负责全市水旱灾害和防汛抗洪抢险、防御台风、抗旱情报工作，拟定、监督执行防灾减灾应急处置措施；负责市防汛抗旱物资的储备管理和防汛抗旱经费使用计划的安排。指导和组织协调全市防汛调度指挥的现代化系统建设和运行。
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