（二）支出及其核定
1.支出项目。（1）经常性支出，包括人员经费、业务经费等正常运转支出。（2）财政专项补助支出，包括财政专项安排用于基层医疗卫生机构基本建设和设备购置、突发公共卫生事件处置、人员培养和人才招聘，以及符合规定条件的离退休人员支出等。（3）其他支出，包括基层医疗卫生机构上述项目以外的支出，包括赞助、捐赠支出、医疗赔偿支出等。
2.支出核定。（1）经常性支出核定。人员经费按定员定额的方式核定，核定工资水平要与当地事业单位工作人员平均工资水平相衔接，其中绩效工资按国家相关规定执行；业务经费根据核定的基本医疗服务和基本公共卫生服务任务的数量、质量和成本定额（剔除人力成本）等综合核定，其中药品支出根据药品采购价格和合理用药数量等核定。（2）财政专项补助支出核定。根据基本建设、设备购置、人员培养和人才招聘、突发公共卫生事件处置等专项工作任务完成的数量、进度、质量、效益等因素确定。（3）其他支出，根据以前年度支出水平并综合考虑影响支出的特殊因素合理核定。
（三）绩效考核补助
基层医疗卫生机构核定的经常性收入不足以弥补核定的经常性支出时，差额部分由政府通过多种渠道给予补偿，为建立公平和效率的运行机制，政府以基层医疗卫生机构提供的主要医疗服务项目和数量予以补助。
补偿的方法采取先预拨后结算的方式予以保障。即：根据年初核定的预算指标，按指标总额的70%采取按月预拨的方式拨付资金。年终将其余的30%再根据基层医疗卫生机构任务完成情况、患者满意度、居民健康改善状况等进行综合绩效考核，分数达到90分的，按规定全额拨付补助经费；分数低于90分的，将所得分除以90，计算得分比率，给予部分补助，补助资金由同级财政根据考核结果予以结算。
五、政府补偿资金渠道和方式
（一）公共卫生服务补助。政府根据基层医疗卫生机构承担的区域内基本公共卫生服务人口数量和重大公共卫生服务工作量给予公共卫生服务经费补助。基本公共卫生服务人均补助经费用于基层医疗卫生机构的比例不低于90%。
（二）医疗保障基金补助。在基层医疗卫生机构就诊的城乡居民，综合改革后的挂号费、诊查费、护理费、床位费和部分医技诊疗费中的增加部分，根据基层医疗卫生机构的服务量从医疗保障基金补偿给基层医疗卫生机构。其补偿项目、数量、比例和标准，由县（区）政府结合当地人口、地理、交通状况及发病率等因素制定。
（三）提高基层医疗卫生机构就医报销比例。调整新型农村合作医疗基金、城镇职工、居民基本医疗保险基金的报销比例，大幅度提高城乡居民在基层医疗卫生机构就医的报销比例，在保证医疗服务质量的前提下，引导城乡居民在基层医疗卫生机构就医。
（四）提高基层医疗卫生机构医疗费报销比例。调整新型农村合作医疗基金、城镇职工、居民基本医疗保险基金的补偿政策，提高患者医疗费的报销比例，使医疗费的报销比例高于药品费。
六、合理划分政府间投入责任
（一）公共卫生服务投入责任
按照基本公共服务均等化的要求，基本公共卫生服务经费实行政府分级负担。省级以上财政人均补助标准确定后，其余人均补助部分区由市、区财政按5：5比例承担，县由市、县财政按3：7比例承担。
突发公共卫生事件处置经费，由同级财政负担。
（二）基本医疗服务投入责任
核定的基层医疗卫生机构经常性收支缺口，主要由县、区级财政承担，市级财政给予适当的补助。
基层医疗卫生机构的基本建设、设备购置、人员培训和人才招募等，由同级财政予以保障。
对实行乡村一体化的村卫生室，政府给予适当补助。
七、加强对基层医疗卫生机构收支管理监督
（一）各级财政部门要切实加强基层医疗卫生机构的收支监管，要会同发展改革、卫生等部门建立健全基层医疗卫生机构绩效考核制度，切实提高资金使用效率。
（二）各级卫生行政部门要加强对基层医疗卫生机构财务的监督，督促其严格执行财务会计制度，按规定完成核定的收支计划。要会同有关部门建立绩效考核指标体系，组织实施对基层医疗机构的绩效考核工作。
（三）基层医疗卫生机构要加强和完善内部管理，建立以服务质量为核心、以岗位责任与绩效为基础的考核和激励制度。要按照国家有关政策规定，依法组织收入，正确归集实际发生的各项费用，切实加强支出管理，严格执行制度规定的开支范围及开支标准，确保全面完成收支任务。
