2．年终清算
年终清算是市医保中心根据医疗服务质量管理指标计算应向定点医疗机构最终支付的统筹基金金额，与医疗机构结算。
（1）定点医疗机构年度统筹基金实际发生总额未超过年度预算额度的，依据年度考核情况（考核办法另行制定 ）对预算结余部分进行考核支付（定点医疗机构实际应得金额的计算方法另行制定）。若预拨额高于定点医疗机构年度应得金额时在下年度预拨款中扣减。
（2）定点医疗机构年度统筹基金实际发生总额超过年度预算额度的，依据医疗服务质量管理指标对定点医疗机构的超预算部分（即缓付金）进行考核，根据补偿系数确定最终应补拨的缓付金金额（予以支付的缓付金和补偿系数的计算办法另行制定）。
（二）已签定单病种（包括精神病单病种）结算协议的定点医疗机构，符合的医疗费用按单病种（精神病）结算办法支付，其费用不计入定点医疗机构预算额度。
（三）按项目实付的定点医疗机构和特殊疾病定点零售药店发生的应由统筹基金支付的费用以及异地就医的符合规定的费用按相关规定进行审核、支付。
（四）基本医疗统筹基金限额以上的大额医疗费用由大额医疗费用互助基金按项目结算支付。
（五）定点医疗机构、定点药店预留的保证金，年终结算时根据年度考核结果拨付预留保证金。
第八条 结算时间
市医保中心应于每月前5个工作日内向定点医疗机构预拨当月应预拨金额，各定点医疗机构、定点零售药店于次月前5个工作日内向市医保中心（或分中心）提供上月费用结算表，核对无误后，结算上月应由医保基金支付的费用。年度结算在次年的3月底前完成。
第三章 监督与管理
第九条 市医保中心按照本办法与各定点医疗机构、定点零售药店签订医疗服务协议，明确统筹基金年度预算额度、质量管理指标及结算程序等，各定点医疗机构应根据自身情况建立相应的质量管理标准，提高自我监控能力。
第十条 定点医疗机构应严格执行医疗保险相关政策及《重庆市基本医疗保险市级统筹定点医疗机构医疗服务协议》。市医保中心每季度定期通报定点医疗机构预算执行情况，对定点医疗机构住院次均费用或特殊疾病门诊月人均费用超结算指标过高或存在其它异常结算情况的，市医保中心暂缓向定点医疗机构支付预算金额，并开展重点审核。对不符合规定的医疗费用，按医疗服务协议规定予以扣减。
