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自治区人力资源和社会保障厅：负责协调被征地农民社会保障措施有关政策性问题，指导各有关市、县劳动保障部门做好被征地农民社会保障工作；负责做好需报国务院批准征地的被征地农民社会保障实施方案审核工作，指导需报自治区人民政府批准征地的市、县做好被征地农民社会保障实施方案审核工作。
自治区国土资源厅：负责项目征地拆迁业务工作总协调，督促指导各地开展征地拆迁工作，研究解决征地拆迁工作中有关政策性问题，督促各地完成项目用地报批任务；负责做好项目建设用地预审和报批工作，对口跟踪国土资源部用地审批。
自治区环境保护厅：负责协调征地拆迁过程中的环境保护有关问题。
自治区住房和城乡建设厅：负责协调项目建设与城市规划相衔接的有关问题，做好配套项目规划选址相关工作；负责项目建设涉及的城镇国有土地上房屋拆迁问题的指导协调。
自治区交通运输厅：协助督促公路水运建设项目沿线各市、县的征地拆迁工作；监督检查公路水运建设项目征地拆迁补偿和建设资金的管理使用情况；负责协调解决与公路、航道的交叉等有关问题。
自治区水利厅：负责水资源保护、水利设施协调指导工作。
自治区农业厅：负责对铁路交通基础设施建设项目征地的占补平衡补充耕地质量的评定工作。
自治区林业厅：负责协调项目建设使用林地的有关问题，指导和督促市、县林业部门办理林地使用手续。
自治区文化厅：负责文物、古迹的评估及协调工作。
自治区审计厅：负责对铁路交通基础设施建设项目征地拆迁资金使用情况的审计监督。
自治区广播电影电视局：负责协调广播电视设施的拆迁事宜。
自治区铁路建设办公室：协助督促铁路建设项目沿线各市、县的征地拆迁工作；监督检查铁路建设项目征地拆迁补偿和建设资金的管理使用情况；配合协调解决与铁路交叉等有关问题。
广西北部湾投资集团有限公司、广西交通投资集团有限公司：负责所承建公路项目的建设和管理工作，根据项目用款的需求做好所承建公路项目筹融资工作；负责管理和支付所承建项目征地拆迁资金；负责审核所承建公路项目的征地拆迁总费用；审核所承建公路项目沿线各市上报的征地拆迁用款计划，并根据工作进度及时拨付各项补偿款及相关费用；负责对所承建公路项目征地拆迁补偿专项资金使用情况的监督检查，组织开展跟踪审计工作，及时研究解决所承建公路项目征地拆迁资金使用管理过程中出现的有关问题；协助做好项目建设用地预审或报批的材料整理工作。
广西铁路投资（集团）有限公司：根据项目用款的需求做好铁路建设项目筹融资工作；负责管理和支付铁路建设项目征地拆迁资金；负责与铁路建设项目业主（建设指挥部）、各市共同核算建设项目征地拆迁费用包干总额；负责与铁路建设项目业主共同审核项目沿线各市上报的征地拆迁用款计划，并根据工作进度及时拨付各项补偿款及相关费用；牵头组织铁路建设项目业主（建设指挥部）和各市人民政府开展征地拆迁验工计价工作，并组织对超出包干费用范围的数量和金额进行确认；负责制定铁路建设征地拆迁补偿专项资金监督管理实施细则，并指导检查各市、县执行情况；负责对铁路建设项目征地拆迁补偿专项资金使用情况的监督检查，组织开展跟踪审计工作，及时研究解决征地拆迁资金使用管理过程中出现的有关问题。
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