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负责组织拟定全市海洋与渔业经济综合发展规划；承担全市海洋经济运行监测、统计、核算、评估及信息发布的工作；组织编制、审查、申报各类海洋工程建设项目，组织对在建项目分类实施监督管理和竣工验收；组织编制渔港建设规划，监督渔港工程建设；负责全市渔业统计工作；组织海洋和渔业重大科技开发，推动行业技术进步；指导海洋和渔业产品加工、流通以及市场体系建设；指导水产品进出口贸易，组织企业开发国内外水产品市场；负责水产养殖质量安全监督管理工作；负责养殖水产品药物残留的监控工作；配合有关部门开展水产品无公害产地认定和产品认证以及名牌产品申报工作；预测并发布渔产品市场信息；指导水产品质量安全检测机构和水产运销加工协会工作。
（四）海洋管理处（环境保护处）
负责全市海域使用和海岛管理工作；组织拟定并实施本市海洋功能区划、海域使用规划、海岛保护与利用规划、海洋环境保护与整治规划；承担市政府审批的海域使用项目的审核、海域使用权登记和海域使用权证书发放工作；负责组织海域使用、海岛使用的论证评估工作；承担无居民海岛的开发、建设、保护与管理工作；组织实施海域勘界工作；负责海岸带、海岛资源登记和界定工作；负责海底电缆管道铺设管理；负责市辖海域海洋环境监督管理和渔业水域生态环境保护和修复工作；参与选划和调整海洋自然保护区和特别保护区；组织海洋和渔业水域环境的调查、监测、监视、评价和科学研究；负责全市防治海洋工程建设项目和海洋倾倒对海洋污染损害的环境保护工作；负责发布海洋环境及海洋灾害公报、通报，指导海洋和渔业监测体系建设；组织编制并实施海洋灾害应急预案。
（五）渔业生产处
组织编制并实施本市水产养殖发展规划；指导水产养殖业产业发展；推进水产健康养殖；负责内陆水域和浅海滩涂水生经济动植物资源开发利用的指导和管理；负责水产养殖病害防治和水产养殖用药安全使用的宣传、培训和技术指导工作；指导养殖新技术、新品种的试验示范及推广；负责水产苗种的管理，核发水产苗种许可证。指导全市捕捞生产和产业结构调整，组织实施捕捞船网工具控制制度；组织资源调查和渔场预报及新渔场的开发；指导渔具渔法改革并组织实施先进捕捞技术与生产结合的示范点项目；初审深海和远洋渔业项目，指导捕捞与养殖专业合作社及协会的工作。
（六）渔政渔监处
依法行使渔业船舶和渔政、渔港监督管理职能；负责全市渔业行政执法队伍的建设管理；组织实施渔业保护区、禁渔区、禁渔期、休渔期的监督管理；开展渔业资源管理和珍稀水生野生动植物保护工作；组织和协调重大渔政执法行动，协调重大渔业纠纷，查处严重渔业违规事件；参与渔业涉外事件的调查处理；参与监督渔港重大工程项目建设；指导渔业船舶检验工作；监督渔业船舶水上生产安全；负责组织渔船防台风抢险救灾工作；组织编制并实施渔业防风防汛应急预案；负责调查和处理渔港水域及沿海水域重大的渔业船舶海损事故；指导渔业互保工作。
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