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（二）组织人事处（机关党委办公室、纪检监察处）
负责局机关和所属单位的机构编制、人事管理、队伍建设、老干部服务和党群、机关工会工作；负责纪检监察工作；协助人事部门做好系统内的专业技术资格（职务）评聘工作；会同有关部门做好局直属企业管理工作。
（三）计划财务处
负责编制交通和港航部门预决算，并组织实施。负责编制年度固定资产、维护项目投资计划，汇编工程建设项目财务竣工决算报告；负责政府行业建设资金的使用和监管，承担行业有关财政补贴的预算、使用、管理和监督检查工作，参与制定行业收费标准；负责规费征收工作，监督本局系统行政事业性收费和罚没款的使用；负责行业综合统计，配合开展统计执法、审计检查工作；承担局国有资产管理、局机关财务工作。
（四）政策法规处
负责研究提出交通运输和港航管理的发展战略和政策措施；负责拟定本市有关交通运输和港航管理的地方性法规规章草案；承担本局机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担本系统普法教育工作；负责行政复议、行政诉讼和重大处罚案件的听证等工作；负责普法宣传、法制培训、执法监督、行风（政风）监督评议工作；指导行业诚信体系建设、精神文明创建、行业协会工作；负责局机关进驻市政府服务中心窗口管理工作。
（五）规划建设处
组织编制行业中长期发展规划、近期建设规划和专项规划，审核专用公路规划；指导监督交通港航工程建设，组织工程竣工验收工作；监督管理公路县道养护与路政工作，指导监督乡（村）道建设、养护、管理工作；负责农村公路建设工程设计审批、建设项目施工许可工作；配合省交通运输厅进行公路建设市场准入管理和动态管理。
（六）运输管理处
参与拟定全市综合运输体系发展规划；协调全市道路、水路及其它运输方式的衔接和琼州海峡轮渡运输工作；指导道路客货运输及其场站、机动车维修、机动车驾驶员培训行业管理工作；负责外商投资道路运输业立项和变更申请的初审工作、危险品运输、危险品运输企业从业人员资格管理工作；会同有关部门做好物流、春运、节能减排和科技信息推广工作。
（七）公交客运管理处
负责城市公共交通客运、出租汽车客运及公交客运场站、候车亭等公交客运设施的管理工作；负责公交客运线路经营权的许可、线路的开辟、调整和变更工作；负责出租车运力投放、更新工作；监督公交、出租客运行业经营秩序、服务质量；协调组织重大节庆、赛事、会议等公交客运保障工作。
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