（一）对增值税一般纳税人及仅向国税机关申报缴纳企业所得税的纳税人（查账征收方式），检查期限为3年（含申请注销当年，但不包括纳税人停止正常生产经营进行零申报的时间）。
（二）对其他纳税人，检查期限为1年（含申请注销当年，但不包括纳税人停止正常生产经营进行零申报的时间，申请当年实际经营期不足6个月的，再向前追溯检查1年）。
（三）纳税人在申请注销前已经过税务稽查的，检查期限可从最后一次税务稽查的检查所属期限的截止日期起，到申请注销登记之日止。具体要求由各地根据实际情况自行确定。
经检查发现纳税人有逃避缴纳税款嫌疑的，检查期限按照《
中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的有关规定执行。
第十七条 清理检查工作应自接到清理检查任务的15日内完成。在清理检查过程中发现纳税人有涉嫌逃避缴纳税款情形的，应按规定移交稽查部门进行查处（已经由稽查部门实施清理检查的除外）。
情况特殊，需要延长检查时限的，报县区级税务机关主管税务局长批准。
移交稽查部门检查并已被立案的，检查程序和时限按照税务稽查的有关规定执行。
第五章 注销税务登记的核准
第十八条 清理检查人员应当自清理检查结束之日起5日内根据有关规定制发（或移交有关部门制发）相应的税务文书，按照法定权限和程序将查补的税款、滞纳金、罚款组织入库，并根据清理检查情况形成《注销税务登记清理检查报告》（附件2），连同《交接单》等有关资料报纳税人主管税务机关征收管理部门。清理检查人员应在《注销税务登记清理检查报告》中对税负偏低情况、发票用量情况及增值税与所得税配比情况进行分析说明。
纳税人未在规定的期限内履行相关处理、处罚决定的，按照税务管理和税款征收的有关规定办理，本办法规定的时限自送达处理、处罚决定之日起中止。
按照本办法规定移交稽查部门检查的，稽查部门应向纳税人主管税务机关征收管理部门反馈相关法律文书，其中检查未发现问题的，还应提供书面的疑点情况检查说明。
第十九条 主管税务机关征收管理部门应当自收到清理检查报告之日起5日内对接收的资料进行审查，并区分以下情况进行处理：
（一）经审查认为需要补充资料的，通知相关部门或人员补充资料，或由征收管理部门自行补充资料。
（二）经审查发现纳税人检查后的税负率仍低于同期全省（或各市）同行业平均税负率又无正当理由的，或者未能对疑点问题查实说明的，应退回重新检查。涉嫌逃避缴纳税款的，移交稽查部门立案检查。
