组织编制全市水利规划、专业规划和专项规划；承办水利基建项目建议书和可行性研究报告的审核工作，按规定承担水利基建项目初步设计文件审查的有关工作；组织全市涉河项目防洪论证及建设方案的审查工作；指导全市水利建设项目合规性审查工作；组织全市重大水利科学研究、科技推广和科技交流工作；负责水利行业技术标准、规范的有关管理工作；承担市水利学会的日常工作。
5.农村水利科
组织、指导全市水库、大中型水库灌区的水工程管理；组织、指导市属花凉亭、麻塘湖水库灌区工程的管理，负责项目的审查和申报并组织实施；组织、指导农村水利专项规划的编制和管理；负责全市乡镇供水、农村饮水、节水灌溉、水利血防和小型农田水利工程建设与管理的指导工作；指导全市农村水利社会化服务体系建设。
6.财务科
负责全市水利系统贯彻实施有关水利的价格税收、信贷、财务政策和会计法规；对全市水利资金拨付实施监督；对市局负责进行竣工验收的项目进行财务审计；组织行政性收费和其他非税的收缴；指导全市水利系统财务及国有资产的保值增值；指导局直单位财务与会计工作并对收支预算执行情况进行检查；对局直单位国有资产管理和保值增值实施监管。
7.人事科
负责机关和直属单位的机构编制、人事管理、考核表彰和教育培训等工作；指导全市水利行业职工队伍建设；承担机关和直属单位对外事务工作。
机关党委负责机关和直属单位的党群工作。
市纪委（监察局）派驻市水利局纪检组（监察室）按照有关文件规定履行职责。
四、人员编制（略）
五、其他事项
（一）水资源保护与水污染防治的职责分工。市水利局对水资源保护负责，市环境保护局对水环境质量和水污染防治负责。两部门要进一步加强协调与配合，建立协商机制，定期通报水资源保护与水污染防治有关情况，协商解决有关重大问题。市环境保护局发布水环境信息，对信息的准确性、及时性负责。市水利局发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容，应与市环境保护局协商一致。
（二）河道采砂管理的职责分工。在长江干流河道安庆段从事采砂及其管理活动的，按照国务院《
长江河道采砂管理条例》和《
安徽省〈长江河道采砂管理条例〉实施办法》的规定执行。其他河道采砂管理的职责分工是：市水利局对河道采砂影响防洪安全、河势稳定、堤防安全负责，市国土资源局对保障河道内砂石资源合理开发利用负责，市交通运输局对河道采砂影响通航安全负责。由市水利局牵头，会同市国土资源局、市交通运输局等部门，负责河道采砂监督管理工作，统一编制河道采砂规划和计划。
