省指挥部主要职责为：
（1）统一领导、指挥全省突发动物疫情处置工作；
（2）制订和部署突发特别重大、重大动物疫情应急措施；
（3）指导和协调各市、县和有关部门的动物疫情应急工作；
（4）分析总结动物疫情应对工作，按规定做好信息发布相关工作；
（5）落实省委、省人民政府交办的其他相关应急处置工作。
2．3 省指挥部办事机构及职责
省指挥部办公室设在省农业厅，为指挥部日常办事机构。省农业厅厅长兼任办公室主任。办公室的职责为：
（1）传达和组织落实省指挥部决定；
（2）协调指挥部成员单位开展应对动物疫情的相关工作；
（3）制订突发动物疫情应急工作方案；
（4）收集、整理、上报动物疫情信息；
（5）完成指挥部交办的其他事项。
2．4 省指挥部各成员单位职责
省委宣传部：负责应急新闻报道，做好媒体记者的组织、管理和引导工作，配合有关部门做好应急防控工作、相关防控知识以及防控技术的宣传。
新华社山西分社：负责实时、准确、全面、客观地宣传报道应急工作。
省发展改革委：负责应急物资的储备调拨，加强全省动物防疫、动物检疫和动物卫生监督执法基础设施建设。
省财政厅：负责保障突发动物疫情预防、监测及应急处置所需经费，做好经费和捐赠资金使用的监督管理工作。
省农业厅：负责组织制订疫情应急处置技术方案，划定疫点、疫区、受威胁区。在省指挥部统一领导下，会同有关部门实施隔离、扑杀、销毁、消毒、无害化处理、紧急免疫接种、限制易感染动物和动物产品出入等控制扑灭措施。
省公安厅：负责收集掌握疫情有关的社会动态和舆情信息，参与做好疫区封锁、动物扑杀等工作；依法、及时、妥善地处置与疫情有关的突发事件。
省民政厅：负责受灾群众生活救助。
省人力资源社会保障厅：负责协调指导相关统筹地区有关部门落实参与突发动物疫情应急处置工作人员的工伤待遇政策。
省林业厅：负责组织开展陆生野生动物的资源调查和疫病监测；发生陆生野生动物疫情后，及时上报省指挥部，在省指挥部统一领导下，会同有关部门采取隔离控制等措施。
省交通运输厅：负责保障应急处置人员以及疫苗、消毒药品、器械等应急物资和有关样本的公路和水路运输车辆优先通行。
省商务厅：负责突发动物疫情期间日常生活用品市场运行和供应情况的监控，协调组织日常生活必需品的市场供应。
省卫生厅：负责疫区内人员防护技术指导，开展现场流行病学调查、密切接触者追踪、医学观察和病人救治工作。
山西出入境检验检疫局：负责做好出入境动物及动物产品的检验检疫工作。
