住院医药费用实行分级按比例补偿。在本市行政区域内的各级定点医疗机构补偿比为：乡级75%、区（县）级65%、市级55%、省级45%。
1．应用国家基本药物的补偿比例提高5个百分点。应用中藏医药诊疗项目及药品的补偿比例提高5个百分点。所使用的药品既是国家基本药物又是中藏医药的，补偿比例合计提高5个百分点。
2．救助对象及非救助对象的重度残疾人（即残疾等级为一级、二级的视力残疾、听力残疾、言语残疾、肢体残疾、智力残疾和精神残疾人），住院医药费用补偿比例提高5个百分点。使用的国家基本药物、中藏医药费用部分，补偿比例再提高5个百分点。
3．产妇正常住院分娩实行限价，限价标准为：乡镇卫生院500元，区（县）级医院800元。正常住院分娩费用由重大公共卫生服务专项资金给予每例500元补助，其余费用由产妇个人承担。
高危孕产妇住院分娩由专项资金补助500元后，剩余费用按照普通疾病住院费用补偿规定执行。
4．实行保底补偿制度。对住院费用核算应得补偿额低于住院医药费用20%的，按20%给予保底补偿。住院医药费用保底补偿额不得超过封顶线。住院费用保底补偿额与核算应得补偿额之间的差额由医疗机构承担。
5．特殊病种（恶性肿瘤手术、放疗、化疗，尿毒症器官移植，儿童先天性心脏病手术）住院医药费用补偿比例提高10个百分点。
属特殊病种的，不再重复享受救助对象及非救助对象重度残疾人、国家基本药物、中藏医药提高补偿比例的待遇。
6．救助对象在经过新农合常规补偿后，按照农村医疗救助的规定，进行救助补偿。两项补偿实际补偿额不得超过住院医药总费用。
7．对救助对象医药费用的新农合补偿和医疗救助补偿实行一站式服务。由民政部门与新农合经办机构签订协议，预付部分资金，定期结算救助补偿费用。由定点医疗机构按照规定垫付救助费用，并与新农合经办机构定期结算。
（三）封顶线标准
封顶线以一个年度内累计实际获得的补偿金额计算。住院医药费用补偿封顶线3万元，救助对象住院补偿封顶线3.5万元。特殊病种（恶性肿瘤手术、放疗、化疗，尿毒症器官移植，儿童先天性心脏病手术）补偿封顶线5万元。
第二十四条 大额住院费用二次补助标准。
参合农民住院费用经过常规补偿后，个人自付费用仍然在3000元以上的费用予以大额住院费用二次补助。
救助对象住院费用经过常规补偿后，其余费用按照医疗救助规定进行救助补偿，不再进行新农合大额住院费用二次补助。
二次补助实行分段按比例累加， 7000元以下部分补偿30%，7001－10000元部分补偿20%，10001元以上部分补偿10%。每人每年累计补助限额为3000元。
第二十五条 门诊、住院医药费用补偿结算方式。
参合农民在省内各级定点医疗机构就医，医药费用实行即时结报。
