第十五条 小农水专项资金要大力推行县级报账制、政府采购制等，具备条件的地方应积极实行国库直接支付制度。项目实施单位对各级财政资金和自筹资金要按照专款专用原则，实行专账管理，确保专项资金按规定用于立项批准的小农水项目，严禁截留、挤占和挪用。农民投工投劳情况按受益村建立台账。
第十六条 各级水利、财政部门要积极推动小型农田水利设施管理体制改革，明确产权，落实管护责任，探索、创新和建立长效运行机制，确保工程发挥效益。按照谁受益、谁管护的原则，工程产权归受益的农户或联户、村组集体、农民用水合作组织和其它农民专业合作经济组织所有，并由其负责管护。
第三章 资金监督与检查
第十七条 小农水专项资金的使用管理要公开透明，实行公示制。地方财政、水利部门要采取适当的形式，将项目建设情况在当地进行公告，资金使用、筹资筹劳等情况应及时向受益区群众张榜公布，接受监督。
第十八条 各级财政、水利部门要建立和健全资金监管体系，加强对小农水专项资金的使用管理和监督检查，加强项目建设的日常监管，掌握项目建设进度，发现问题及时纠正，保证专款专用。积极配合有关部门做好审计、稽查等工作。
第十九条 各地财政、水利部门要建立绩效自评制度，将项目建设的组织管理、建设进度、工程质量、资金投入、资金整合、资金使用和监管，以及管护机制等因素纳入自评范围。在各地自评的基础上，省财政厅、省水利厅将组织考核，考核结果作为下一年度分配资金的重要因素。
第二十条 各级财政、水利部门要设专人负责小农水项目的工程进度、资金落实和完成情况。重点县要于每月的25日前将当月项目实施情况等信息分别上报省财政厅、水利厅，每年12月25日前报送上年度总结材料，内容包括：组织管理、资金投入、资金整合、实施成效，以及建管体制机制等方面内容。月报信息可选择其中一、二个内容进行重点撰写，年度材料应对全部内容作总结。专项工程项目于每月25日前将项目建设进展情况及资金使用情况等分别上报省财政厅、水利厅，在每年的12月25日前报送工作总结。各地要广泛利用媒体报刊，重点宣传小农水建设的政策、进展、典型、作用及成效。
