第十条 省财政厅、省水利厅根据财政部、水利部当年小农水有关政策和我省小农水建设要求，及时制定和发布年度小农水专项资金项目立项指南，明确小农水专项资金重点投向、地方申报规模、项目申报文本和建设方案编制提纲等。
第十一条 小农水专项资金的申报主体包括重点县申报主体和专项工程申报主体。
重点县申报主体为县级水利和财政部门。
专项工程申报主体包括：农户或联户、农民用水合作组织、村组集体、其它农民专业合作经济组织。
第十二条 重点县建设项目，由县级水利、财政部门依据本地农田水利规划以及重点县的建设目标和要求，按财政部、水利部制订的提纲组织编制《小型农田水利重点县建设标准文本》和《小型农田水利重点县建设方案》等申请材料和报告，联合向省水利厅、省财政厅申报。重点县的建设方案必须由乙级（含乙级）以上水利设计资质的单位负责编制。
专项工程项目，由符合条件的申报主体提出申请后，县级水利、财政部门负责择优选择并归类汇总。同时，以县为单位组织编制《小型农田水利专项工程建设标准文本》和《小型农田水利专项工程建设方案》等申请材料和文件，联合向省水利厅、省财政厅申报。专项工程建设方案必须由丙级（含丙级）以上水利设计资质的单位负责编制。
项目申报涉及筹资筹劳的应当按照有关规定“一事一议”，经村民民主议事通过，并提供村民会议有关决议等资料，按程序报县级财政、水利部门。项目申报主体为农民用水合作组织或其它农民专业合作经济组织的，须同时报送合作组织证书复印件。
县级水利、财政部门共同对申报材料的真实性、完整性负责。
第十三条 省财政厅、省水利厅组织专家对项目进行评审，依据评审结果确定重点县申报项目和专项工程申报项目，并签署审查意见，联合上报财政部、水利部进行合规性审查。
第十四条 根据财政部、水利部合规性审查意见和中央财政拨付资金文件的通知，省水利厅会同省财政厅下达年度实施计划，省财政厅根据计划拨付小农水专项资金。各地财政部门要及时拨付小农水专项资金，保证工程项目的顺利实施。重点县根据批准的标准文本及建设方案，负责组织编制年度实施方案，报省水利厅、财政厅审批。专项工程根据批准的标准文本及建设方案，由项目业主负责组织编制实施方案，报县级水利、财政部门审批。
