各级财政要切实加大对小型农田水利设施建设的投入，设立小型农田水利设施建设专项资金，逐步扩大资金规模，增加投入。
第六条 各地要按照财政部《关于深入推进支农资金整合工作的指导意见》（财农〔2009〕439号）要求，切实加大资金整合力度。要以县级农田水利规划为依据，以小农水专项资金为引导，以重点县建设为平台，以提高资金使用效益为目标，按照“渠道不乱、用途不变、优势互补、各记其功、形成合力”的原则，在不改变资金性质和用途的前提下，整合各类涉及农田水利的建设资金，统筹安排，进一步拓宽农田水利建设投入渠道，发挥项目区的整体效益。
第七条 小农水专项资金用于重点县建设的，重点支持现有小型农田水利设施和大中型灌区末级渠系续建、配套、改造，因地制宜建设高效节水灌溉工程和适度新建小型水源工程。小农水专项资金用于支持专项工程建设的，主要解决小型农田水利设施最薄弱的环节，重点支持高效节水灌溉、小型水源建设、雨水集蓄利用（山地水利工程），以及渠道、机电泵站等其他小型农田水利设施修复、配套和改造。
主要包括：容积小于10万m3的山塘、小型拦河坝加固改造建设，喷微灌工程和管道灌溉工程，流量小于1m3/s的大中型灌区末级渠系和小型灌区渠系，装机小于1000kw的小型灌排泵（闸）站，流量小于1m3/s的引水堰闸，雨水集蓄利用（山地水利工程，容积小于500 m3），控制面积3万亩以下的排水沟渠等。
第八条 小农水专项资金使用范围主要包括：项目建设材料费、工程设备费、施工机械作业费、项目管理费。其中项目管理费从中央财政和省级财政安排的小农水专项资金中分别按不超过1％的比例列支，具体比例在每年下达项目立项指南时确定，主要用于重点县和专项工程项目的论证审查、规划编制、工程设计、技术咨询和信息服务支出，不得用于人员补贴、购置交通工具、会议费等支出。项目管理费不足部分由地方另行解决。
第九条 省以上资金对重点县建设和专项工程建设实行不同的资金补助方式：
（一）对重点县建设，实行定额补助。省财政厅、省水利厅根据各地近年来小型农田水利项目实施情况、县级农田水利建设规划编制情况、县级农田水利投入水平、县级农田水利建设管理机制创新以及现阶段农田水利建设任务等因素确定重点县。省财政厅、水利厅按照中央财政下达的重点县建设资金规模及省财政预算安排规模采用因素分配法确定中央财政和省财政补助资金。
（二）对专项工程建设，实行按比例补助。省财政厅、省水利厅根据各地上报的项目，组织评审，择优确定补助项目，省财政厅水利厅按照中央财政下达的小农水专项资金规模及省财政预算安排规模，确定中央财政和省财政补助资金。
